ついにガーゴイルを倒したジャン達はＮ−ノーチラスに乗りこみ、ネオ＝アトランティスの要塞に乗り込むことになった。
今、まさに最後の激闘が始まった。
ネモ「これより、ネオアトランティスの要塞に突入する！諸君！準備はいいか！？」
一同「はい！」
ネモ「よし！では、突入する！」
Ｎ−ノーチラスは、ネオアトランティスの要塞に突入した。
要塞の奥の待っていたのは筋骨隆々の男ケルベロスだった。
ネオアトランティスの第二の支配者ケルベロス
？？？「ついに来やがったな、エルシス。俺はネオ＝アトランティスの参謀にして、真ネオ皇帝ケルベロス様よー！」
ネモ「この二人は、貴様が殺したのか？」
ケルベロス「そうさ。今、この場には、不要な存在だろう？」
ネモ「‥‥‥‥。」
ケルベロス「あれから、１３年‥‥長かったんだ。だがな、それも今日で終わる。てめえを葬り去り、その血を利用して、今度はネオアトランティスを復興し、デスアトランティスと名付けるんだ！」
ネモ「‥‥つけ上がるな、ケルベロス！」
ネモの持つ銃を発砲するが、ケルベロスの筋肉には全く無駄だった。
ケルベロス「馬鹿め！そんな銃で俺様を倒せると思ってんのか？
ネモ「馬鹿な…！」
ケルベロス「死ぬのはてめえだ、エルシス！」
ケルベロスの口から炎を吐く。その炎がネモの全身を包む。
ネモ「ぐおおおおおおおお！！！」
その瞬間。ネモは灰になった。
エレクトラ「！？ネモ船長！？」
ジャン「そ、そんな！」
ナディア「お父さん！お父さん！！…ううっ…」
泣き崩れるナディア。
エレクトラ「‥‥うっ‥‥うっ‥‥ううっ‥嫌ああああああああああああ！！！」
エレクトラも泣き叫んだ。
ジャン「あ‥う‥‥嘘だろ‥‥。」
ケルベロス「フフフ‥‥安心しやがれ‥すぐにてめえらも、みんなの所（世界）に送ってやるよ。」
ジャン「‥‥どうして‥‥どうしてこんな酷いことをしたんだ！！」
ケルベロス「エルシスが悪いんだよ。俺の考えに、理解を示さなかったんだぜ。」
ジャン「だから、殺したのか！？ネモ船長や、罪のない、多くの人たちを！」
ケルベロス「‥‥人間のことを言ってんのか？フッフッフッ‥‥ハッハッハッハッ！‥‥こいつはお笑いだぜ！‥‥よく見やがれ！」
ジャン「！！」
ナディア「！」
エレクトラ「貴方！」
ケルベロス「この仮面は、俺にとっては、この醜い、目の傷を隠すための物だ。‥‥エルシスは、かつて、俺達の親友だったんだ。あいつは、人間達の向上心と情熱の素晴らしさを俺達に良く語ったんだ−−あいつは、時々、国を抜け出して、人間達を見に行っていたからな。」
ジャン「‥‥‥‥。」
ケルベロス「俺達は、あいつの情熱に打たれ、ガーゴイルの妻と、生まれて間もない娘を連れて、人間の世界を見に行ったのだ。‥‥ある、山で、俺達は、人間の男達に襲われた。‥‥妻は、ガーゴイルの目の前で、なぶり者にされ、あげく、娘共々殺されちまった‥‥俺達は、崖下に投げ落とされたが、奇跡的に助かったんだ−−左目を引き換えにしてな。−−俺達は、誓ったんだよ！！全ての人間を根絶やしにするまで、殺戮を続けるってな！それが、人間共の当然の報いなんだぜ！！」
ジャン「‥‥狂ってる‥あんた達みんな狂ってる！！」
ケルベロス「何度でも言えよ。ブルーウォーターさえありゃ、ネオ＝アトランティスは復興できるんだぜ。さあて、お別れですぜ、姫。」
ナディア「！！」
エレクトラ「ケルベロス！！」
ケルベロス「！？」
エレクトラ「‥ケルベロス‥貴方だけは‥絶対に‥許さない！！！」
エレクトラは涙を流しながら激怒した。そして銃を発砲した。その弾はケルベロスの心臓に直撃した。
ケルベロス「ぐあっ！！」
ナディア「‥‥‥‥？」
ケルベロス「馬、鹿な‥‥。」
ジャン「エレクトラさん？」
ケルベロス「そ‥の‥弾‥は‥‥。まさ‥か‥エレク‥トラ‥‥きさ‥ま‥‥。」
ケルベロスは息絶えた。
エレクトラ「‥‥‥‥ネモ船長‥‥仇は取りました‥‥‥」
突然地震が起きた。
ジャン「な、何だ！？」
エレクトラ「この要塞に‥最後の時を迎えているわ‥」
ジャン「エレクトラさんはどうするの？」
エレクトラ「私は‥ネモ船長や‥弟の元へ向かう‥」
ジャン「そんな！駄目だよ！エレクトラさん！！」
エレクトラ「‥‥お願い！！もう行って！！私をこの要塞の運命と一緒にして！！！」
ジャン「‥‥‥‥‥‥うわああああああああああああああああああああああああああああ！！！」
ジャンはＮ−ノーチラスへと走り去った。
ナディア「ジャン！待って！」
ナディアもジャンの後を追った。
エレクトラ「‥‥‥‥うっ‥‥‥うっ‥‥‥うわあああああああああああ！！！あああああああああああああああああああああああああ！！！」
要塞に一人取り残されたエレクトラは灰になったネモを見て泣き叫ぶ。その叫びは宇宙へと木霊する。
爆発するネオ＝アトランティスの要塞。そこから脱出したＮ−ノーチラス号。
ネオ＝アトランティスは完全に壊滅したが、ナディアの父エルシスとエレクトラはネオ＝アトランティスの要塞の運命と共にした。
その悲しみはエーコーを含むノーチラス号乗組員の全員に包まれた。
それから数年後、ジャンはナディアと結婚し、マリーはサンソンと結婚もした。
これからは二度と悲劇を繰り返さないためにも精一杯頑張るつもりでいた。