むかしむかしのおはなし……
悪い魔法使いにさらわれたべビィルイージを、ヨッシーたちが助け出す冒険がありました。
ヨッシーたちの活躍で、悪い魔法使いは退治され、マリオとルイージは無事にパパとママに届けられました。
再びヨッシーアイランドには平和が訪れ、ヨッシーは仲間たちとのんびり平和に暮らしていました……。
ここは遠い遠い空の上。
おや？何かまがまがしいお城があります。そのお城から出てきたのは、いつぞやの悪い魔法使いではないですか。
魔法使いと手下たちは、国中の家から赤ん坊をさらいました。その中には、ジャングルの家も、キノコ城も、マリオたちの家もあります。
そこにやってきたのはコウノトリです。
また赤ちゃんたちがさらわれては大変と、手下たちにくちばしで攻撃します。
するとなんということでしょう、またべビィマリオが下に落ちてしまったのです。今度は女の子の赤ちゃんも一緒でした。
二人の赤ちゃんの行方はどうなるのでしょう！？
ここはヨッシーアイランド。ヨッシーがいっぱい住んでいる島です。
一匹のヨッシーがお散歩中。天気もよくて、いい気持ち。
なんと、空から二人の赤ちゃんが落ちてきました！！
どうやら赤ちゃんは二人とも無事な様子。よかった。ヨッシーは一安心。
あれ？この子、どこかで見たことがあるな……。
一方、そのころ、遠い遠い空の上では、悪い魔法使いが必死に落ちていった赤ちゃんを捜していました。
箒の先にはべビィルイージが下がっています。
「アレはまだ見つからんのか？」
訊きますが、手下たちは誰も知らない様子。
「キィ〜〜」
赤ちゃんをさらったのは、またまたカメックとその一味。なた何かを企んでいるのでしょうか。
カメックたちは、世界中の赤ちゃんを次々に連れ去っていきます。
空から落ちてきた赤ちゃんのことで、ヨッシーたちは大騒ぎ。みんなで相談中。
赤ちゃんマリオは淋しそうにお空を見上げています。
コウノトリさんたちが運んでいた赤ちゃんも、何者かに連れ去られてしまったようです。
この子が見ているほうに赤ちゃんたちがいるに違いない。
ヨッシーたちは、再び旅に出ることにしました。今度の旅は、コウノトリさんも一緒です。
さあ、新たなる冒険の始まりです。ヨッシー、そしてコウノトリさんみんなの力を合わせよう！