人類が地球の周辺宙域をこえ火星にまでその生活圏を広げた宇宙時代。
しかし地球環境の悪化と、人が抱えるいくつもの問題はいまだ解決されてはいなかった。
遺伝子操作によって生み出される"コーディネイター"たちの出現。
頻発する地殻変動の影響によって深海にその姿を表した"オルファン"と名づけられた異星文明の遺跡の発見。
そして火星文明の植民。
人々は新たな時代が来ることを期待したが、急激すぎる変化はそれに適応する者と拒絶する者を生み出すことになった。
その能力ゆえに宇宙へと追いやられたコーディネイターは、新型コロニー群"プラント"を建設。
しかしコーディネイターが自分達の統制下を離れることを恐れた"ナチュラル"たちは、
"プラント"の独立を拒みつづけ、その対立は深刻さを増しつつあった。
また"オルファン"にはいつしか自らを"リクレイマー"と呼ぶ人々が入り込み、
その情報は人々の目から隠されるようになっていた。
コズミック・イラ69年
突如木星方面から飛来した謎の無人兵器群が火星に侵攻。
火星圏における大規模会戦に敗退した連合は、多くの人々を火星に残したまま、軍の撤退を決定する。
"木星トカゲ"と呼ばれることになった謎の侵略者は、母艦と推測された無数の"チューリップ"を地球圏へと送り込み、
地球圏はそこから次々と出現する敵兵器との恒常的な戦闘状態へと突入した。
地上での戦闘も頻発し、この混乱に乗じるかのにように己が目的を達成するべく活動を開始するものたちもあらわれた。
そんな中、独自の自衛策を講じ始めたプラントの行動をプラント宗主国に対する反抗であるとして、
大西洋連邦を中心とする地球連合諸国の実力行使によってコーディネイターに制裁を与えるべきとの声が高まっていった。
コズミック・イラ70年
いまだ正体のつかめぬ木星トカゲとの戦乱。
プラントと連合の高まる緊張の中、ネルガル重工が独自に建造していた新造戦艦"ナデシコ"の完成から物語が始まる・・・。