人類が宇宙にまでその生活圏を広げた宇宙時代…。
宇宙暦１０９年、人類は戦闘種族ゼントラーディと遭遇し、人類史上初の宇宙戦争に突入した。
戦いは、ゼントラーディの一部との和解が成立し、敵艦隊の撃滅に成功。終結する。
しかし戦火は地上にもおよび、地球は荒廃してしまった。
地球統合政府はゼントラーディの協力のもと地球再生計画を開始。それまで進めていた人々のスペースコロニーへの移住を加速させ、さらにゼントラーディから得た超空間航法による、太陽系外への植民計画をも進めていった。
ところが 地球環境が回復をしはじめると、政府関係者や特権階級の人々を中心とした地球回帰運動が起こり、再び地上の人口は増加へと転じた。
そして宇宙暦１２３年。無限エネルギーと期待されたゲッター線の月面研究施設に、突如として、インベーダーと呼ばれる怪物が出現した。
激しい戦いの末、地球統合軍はインベーダーを壊滅さることに成功したのだが、この戦いで被害を受けたいくつも
のコロニーに対し統合政府は、なんらの保護政策をも行わなかったのである。
被害を受け、その対応に不満を持ったコロニー群サイド３は、宇宙暦１２９年にジオン公国を名乗り独立を宣言。
宇宙移民者をかえりみない統合政府に対し独立戦争を挑むが、国力に劣り、敗北してしまう。
さらに宇宙暦１３３年、ゲッター線研究の第一人者であった早乙女博士が、突然人類に対し反乱を起こす。
“早乙女の反乱”は、その中心地を統合軍が重陽子ミサイルで爆撃したことで終結するが、その結果、地上にゲッター線汚染が広がり、壊滅したはずのインベーダーが再び地上に出現するようになってしまう。
一連の事件により深刻化する、統合政府と宇宙移民者の対立。ついに１３７年〜１３８年にかけて争いが表面化、全面的な戦いへと突入する。
戦いの中で統合軍の内部分裂や、小惑星アクシズを拠点とするジオン残党軍との戦いで、統合軍は弱体化してしまうことになる。
それに対処するために、欧州の特権階級集団ロームフェラ財団の協力を得て、軍の再編を急いだ。
やがて宇宙暦１４５年、ロームフェラ財団が統合軍内部に結成した秘密組織ＯＺによって軍事クーデターが発生する。
これにより統合政府は倒れ、地球圏統一政府が成立した。
一方宇宙でも、この混乱に乗じてコロニー群が自治独立を求める動きが活発化していた。
サイド２でザンスカール帝国、サイド３でネオ・ジオンが建国を宣言。そして地球圏は宇宙戦国時代へと突入したのである…。
そして…ネオ・ジオン軍による小惑星アクシズの地球落下作戦の最中、全人類が驚愕する出来事が起こるのである…。