スーパーソニック・オープニング＞＞
ミスティックルーイン…時刻は夜…ビッグの家の前…。
そこの川の中には、ビッグは思わず不時着したトルネード2があった。
そんなビッグは気づかなかったのだろう…トルネード2のプロペラ部分にカオスエメラルドが設置されている事を…。
その後、天空からエンジェルアイランドが雲を貫きながら再びミスティックルーインに墜落した。
墜落の衝撃により、大きな波が起きた。
マスターエメラルドは完全に戻ったのになぜ…？
翌日…Dr.エッグマンはエッグモービルに乗りながら、ミスティックルーインのジャングル内を彷徨っていた。
エッグマン「おのれ、ソニックめぇ〜！ わしがこのまま引き下がると思ったら大間違いじゃ！
わしにはまぁだ最後の奥の手が･･･！」
彼が悔いながらと呟くと、目の前に水溜り状態のカオスが現れ、Dr.エッグマンはそれに気づいた。
エッグマン「カオス？」
一方エンジェルアイランド、マスターエメラルドの祭壇では、ナックルズが立ち上がっていた。
ナックルズ「マスターエメラルドは元に戻っているんだぞ！？
なのに、エンジェルアイランドがまた落ちるなんて！ いったいどうなってるんだ？ もしや…。」
彼は混乱しながら、マスターエメラルドのふもとに置かれている六つのカオスエメラルドに振り向く。
ナックルズ「カオスエメラルド…放っておいちゃまずいと思って持ってきたが…これが何か関係しているのか？
ソニックに…届けたほうがいいか…。」
彼がそう決心すると、何かに気づき、後ろへ振り向く。
そこには何と、倒れたDr.エッグマンがいた。
ナックルズ「エッグマン！」
彼は急いで倒れたDr.エッグマンに駆け付けると、弱ったままの彼はこう言った。
エッグマン「たいへんじゃ…か、カオスが…。」
ナックルズ「なにっ？！」
しかし、彼らの直ぐ傍には、あのカオスがいた…。
一方ミスティックルーインの駅伝付近では、ソニックは木に横になりながら、あくびしながら休んでいた。
ソニック「ふあ〜あ。 エッグマンのヤツもさすがにコリたみたいだし、またどこか旅にでもでるかな？」
テイルス「ソニック〜！」
ソニックがテイルスの呼び声に気づくと、彼の方へ駆け付けて行くテイルスの方へ振り向く。
ソニック「どうした、テイルス？ トルネード2、みつかったか？」
テイルス「違う違う！ たいへんなんだ！ エンジェルアイランドが、また降りてきているんだよ！」
ソニック「なんだって？ またなにかあったっていうのか？」
驚いたソニックは勢いで立ち上がった。
テイルス「とにかく、ちょっと様子を見に行ってみようよ！」
そしてソニックとテイルスは、エンジェルアイランドの様子を見るために向かった。