スペースコロニーARKのエクリプスキャノンに制御室にて、突然警報が鳴っていた。
制御画面には『DANGER』と大きく表示されていて、Dr.エッグマンはそれに対して混乱していた。
エッグマン「んな？ こ、これは何としたことじゃ。 何故キャノンが発射せん！！ 一体何が起ころうとしとるんじゃ！！」
彼が混乱していると、画面に鎖で縛られたDr.エッグマンとそっくりな老人の映像が映り出した。
エッグマン「こ、これは･･･ワシのジイさん･･･ジェラルド・ロボトニック！！」
スペースコロニーARKの研究室にて、ソニック･ザ･ヘッジホッグとナックルズ･ザ･エキドゥナは
マイルズ･テイルス･パウワーとエミー･ローズと合流した。
しかしソニックとナックルズが到着した後、突然コロニー全体が揺れ始めた。
ナックルズ「なんなんだ？ この振動は？」
ソニック「待て！！ 誰か来る。」
二人は振り向くと、Dr.エッグマンの仲間だったが、実際はプロジェクトSHADOWの調査するために雇われた
連邦政府エージェントである女盗賊、ルージュ・ザ・バットが現れた。
ナックルズ「お前！ まだあきらめてなかったのか？」
ルージュ「もう終わりよ･･･アタシ達･･･。」
ナックルズ「なんだって？」
ルージュ「今さっき連絡があったの。 このコロニー、すごい勢いで地上に接近してるらしいわ。
多分、このままだと･･･激突するわよ。」
彼女がそう言うと、ソニック達は動揺する。
しかしルージュはソニック達の後ろから何かに気づく。
ソニック達は後ろへ振り向くと、一体の画面からPr.ジェラルドの映像が映っていた。
ナックルズ「なんだこの映像は？」
地上では、Pr.ジェラルドの映像が世界中に放映されていた。
各国の人々が彼の映像を見ていると、恐怖に怯え、絶望を感じ始めていた。
ジェラルド『コレハ全人類ニ対スル死刑宣告ダ。 私ノ計算ニ狂イガ無ケレバ、27分53秒後、
あーくハ地上ニ衝突シ、オ前達ハ世界モロトモ消エテナクナルダロウ。』
一方宇宙では、動力を失ったスペースコロニーARKは、隕石のように真っ直ぐ地上へ向かっていた。
一方スペースコロニーARKでは、ソニック達はPr.ジェラルドの脅迫映像を見ていた。
ジェラルド『七ツノかおすえめらるどガソロウ時、私ハコノ復讐計画ガスタートスルヨウニシテオイタ。
ぷろぐらむハスデニ不可逆だ。 私カラ全テヲウバッタ愚カシイ人間ドモヨ。
私ト同じジ絶望ヲ味ワウガイイ。』
軍人『他に残すべきメッセージはあるか。』
ジェラルド『アリマセン･･･。』
軍人『構え！！』
エミー「ねえ･･･ なんなのコレ。 誰なのこの人？」
彼女が怯えながらそう言うと、コロニーは再びゆれ始めた。
ナックルズ「おい、どんどん揺れが激しくなるぞ！」
？？？「プロフェッサージェラルド・ロボトニック』
ソニック達が振り向くと、Dr.エッグマンが現れた。
エッグマン「世紀の天才科学者とうたわれた、ワシのジイさんじゃ･･･。」
ナックルズ「何だと？ やっぱりお前のせいか！ 今すぐ止めろ！ さもないと･･･。」
エッグマン「それが出来るくらいならとっくの昔にやっておるわっ！！」
ソニック「説明してくれ。」
彼はナックルズと違って冷静に前へ立った。
エッグマン「往生際の悪いハリネズミめ。 やはり生きておったのか。」
ソニック「ヘッ！！ あんなもんよりナックルズの動かすシャトルのほうがよっぽどスリリングだったぜ。」
その後Dr.エッグマンは一枚のフロッピーディスクを取り出し、ルージュの方へ歩いて行った。
ルージュ「何？」
エッグマン「ワシが手に入れたジイさんの日記じゃ。」
ルージュはそのディスクを彼から受け取り、例の映像が映り出した機械にセットした。
画面に映り出した文字は全て英文だったが、ここから翻訳されている･･･。
ルージュ「･･･分からないどうしてこんな事になってしまったのか？
究極の生物を生み出そうという考えが、やはり間違っていたのだろうか？
あの日コロニーに現れた軍隊･･･目的はおそらくプロジェクトの抹消だ･･･。
所の仲間達、愛しい孫娘マリア。 どうか無事でいてくれ。」
ここからルージュの代わりにPr.ジェラルドの声が流れる･･･。
ジェラルド『･･･プロトタイプを封印するため、コロニー全域が封鎖された。 アークの閉鎖は表向き事故として
発表されたようだ。 ･･･事故の犠牲者の中に、マリアの名前を見つける。 私は全てを失ってしまった。
もう何もナイ。 なにも考えラれナい。 復讐以外の何も！！ おソろシい！！ 一体私ハ、
何ヲ考エテいルのカ！？ 誰か、私を止メてクレ･･･。』
しかしここから彼の正常の声が狂い始める･･･。
ジェラルド『おりじなるのでーたヲモトニ、遂ニ『しゃどう』ヲ完成サセタ。 記憶のこんとろーるモ完ペキダ。
全テヲ『しゃどう』ニ託ス。 後世に望ム者アラバ、アレヲ目覚めサセヨ。 世界ニ･･･。』
ルージュ「世界に、絶望を望むなら･･･それで、あの基地からシャドウを･･･。」
エッグマン「暴走するカオスエメラルドのエネルギーを得て、エクリプス・キャノンのコアは巨大な爆弾のようになっておる！
ジイさんの言う通り、このままコロニーがぶつかったら、地上はチリ一つのこらんぞ！
あのマッドサイエンテイストめ！！！」
エミー「そりゃアンタのことでショ。」
テイルス「とにかく、早くコロニーを止めないきゃ。」
エッグマン「おそらくコロニーの推進力もカオスエメラルドの力によるものじゃ。 まずはその暴走を阻止せねばならん！」
テイルス「でも、どうやって！？」
ルージュ「ううん、たった一つ方法があるわ。 あんたの宝石よ！ あんたあの時言ってた。
マスターエメラルドには、カオスエメラルドの暴走をおさえる役目があるって！」
彼女がナックルズにそう言うと、ナックルズはマスターエメラルド（手持ちサイズ？）を取り出した。
ナックルズ「確かにコイツを使えば、この暴走を止められるかもしれない！」
その間、機械の画面がARK全体マップを映し出した。
テイルス「カオスエメラルドの反応はコロニー最深部に移動してる！ もう間に合わないよ！！」
エッグマン「いや、ワシら全員が力を合わせれば、最深部まで最短ルートをとおって行けるかもしれん！」
彼がそう言うと、ソニックの方へ振り向く。
ソニック「任せとけって走ることなら誰にも負けやしないさ！！」
エッグマン「よし！ 作戦スタートじゃ！！」
こうしてHEROとDARKは、自分達の世界を守るために、協力し合いながらスペースコロニーARK墜落阻止に出撃する！