西暦21XX年。
人間的思考をもったレプリロイドと人間が共存し、繁栄している世界。
この世界には、2つの大きな組織があった。
電子頭脳に故障をきたしたレプリロイドを処理するための「イレギュラーハンター」と
大規模な災害時に迅速な対応をするために設置されたレプリロイドだけの軍隊
「レプリフォース」である。
両者はこれまでおたがいに助けあい、協力しながら、それぞれの任務を行っていた。
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ハンターベースのカプセルルームで眠っているゼロ。
???「ゼロ…」
謎の声に起き上がるゼロ。
光の向こうに何者かのシルエットが見える。
???「ゼロ…ワシの最高傑作……」
ゼロ「誰だ?」
???「倒せ、アイツを!!
ワシの敵、ワシのライバル、ワシの生きがい…!!」
ゼロ「あんた誰だ?」
???「行け!
そして破壊しろ…アイツを!!」
ゼロ「待て…っぐっ、ぐおあーあー。」
謎の人物を追おうとするゼロ。
しかし、そのとたん激しい頭痛に襲われる。
恐怖におびえるレプリロイド…
どこかの研究所の内部…
血(オイル)まみれになった自分の手…
何かの設計図…
様々な光景が脳裏に浮かんでは消えていく…
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『緊急事態発生!緊急事態発生!
待機中のイレギュラーハンターはただちに集合せよ!!』
ゼロの眠りは鳴り響く警報の音によって破られた。
ゼロ「また…あの夢か…。」
ゼロは呟くと、司令室へと向かった。
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イレギュラーハンター司令部
『ポイント5567において、イレギュラー発生。
イレギュラーは、最新の兵器でスカイラグーンを占拠!
この軍隊はレプリフォースと思われる!』
ゼロ「レプリフォースだと?
…わかった。出撃する。」
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謎のイレギュラーは本当にレプリフォースなのか?
ゼロの夢に現れた人物は、ゼロに何を告げようとしたのか?
そしてゼロの過去に隠された秘密とは?
イレギュラーハンター・ゼロの熾烈な戦いが始まる―――