永き眠りから目覚めた
伝説のレプリロイド・ゼロは
シエルたちレジスタンスと共に
ネオ・アルカディアを支配する
コピーエックスを倒した・・・・
ネオ・アルカディアの恐怖は去ったものの
深刻なエネルギー不足に悩まされる日々・・
シエルは新しいエネルギー研究に全力で取り組み・・・・
新たにエルピスがレジスタンスの司令官となった
しかし・・エルピスは強さを求めるあまり
かつて世界を滅ぼしかけた力
『ダークエルフ』を目覚めさせてしまう
ダークエルフの力に自分を見失ったエルピスを
激しい戦いののち、止めることには成功したが
ダークエルフはどこかへと飛び去ってしまった・・・・
ダークエルフを巡る戦いはまだ終わってはいないのだった・・・・・・
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エルピスの反乱から二ヵ月後。
宇宙から謎の戦艦が落ちてくる。
その戦艦からは、ダークエルフと同じ強力なエネルギー反応を出す
『何か』があった。
調査のため、戦艦へ侵入したゼロが見たもの。
それは・・・謎の巨大レプリロイド『オメガ』。
そして、謎の科学者『ドクター・バイル』と、
バイルによって復活した『コピーエックス』だった。
バイルの出現によって、
ネオ・アルカディアに暗雲が立ち込める。
まだ子供で世間知らずなコピーエックスは、バイルにそそのかされるまま、
自分の守役である四天王・賢将ハルピュイアを遠ざけ、
バイルをネオ・アルカディアの幹部に取り立てる。
そして、エネルギー不足を解消するために、
ダークエルフ捕獲の命令を出した。
そしてレジスタンスも、再びネオ・アルカディアの脅威に
怯えることになるのだった。
レジスタンスの仲間を守るため、ゼロは再び戦いに身を投じることになる。
ゼロの新たな戦いが始まろうとしていた・・・。