ロックマンX３のオープニング

西暦２１××年………
進化し人間的思考を持ったロボット「レプリロイド」と人間が共存する世界。
今や彼らは人類のパートナーとしてなくてはならない存在となっていた。
しかし、その中には電子頭脳に支障をきたし、人間やレプリロイドに対し反乱を起こす者もいた。
彼らは「イレギュラー」と呼ばれ、それらを取り締まるための組織
「イレギュラーハンター」が作られた。

「ロックマンＸ（エックス）」、
そしてエックスの長年の指導者であり、理解者であり、親友の「ＺＥＲＯ（ゼロ）」も
組織の一員として活躍していた………

－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－

最近、ある優秀なレプリロイドの科学者が話題になっていた。
その名は「ドップラー博士」。
イレギュラーを作り出す原因が「Σ（シグマ）ウィルス」という特殊なプログラムである事を
つきとめ、それを消し去るための抗体ウィルスを開発した科学者レプリロイドである。

そして世界中からイレギュラーを一掃するという成果を上げ、
さらに人間とレプリロイドが共存する平和都市「ドッペルタウン」を作ると宣言し、
レプリロイドだけでなく人間たちからも多くの支持を得た。
博士は「ドッペルタウン」の建設準備のため、世界中から優秀なレプリロイドたちを次々と
集め始めたのであった。

－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－

それから数ヶ月後……。
悲劇はあまりにも突然に訪れた。
ドップラー博士の抗体ウィルスによって鎮静化した筈のイレギュラー達が
一斉に反乱を起こしたのだ！
出撃中のエックスとゼロのもとへ本部より緊急の連絡が入った。

「エックス！ハンター本部がイレギュラーに占領された。
　指揮をとっているのは、どうやらドップラー博士らしい。
　応援を頼む！」

再び戦いの渦がエックス、そしてゼロを巻き込んでいく…。

平和を願っていたドップラー博士が豹変した理由とは？
人類とレプリロイドの幸せと平和は取り戻せるのだろうか？

エックスとゼロの新たな戦いが始まる……。