＊進んできたコースによってエンディングの内容が変わります。
ベビィクッパ：クーッ！痛いじゃないですか〜！今日はこれくらいにしておくです〜！！スーパー幸せのツリーなんか返してやるです。そんなフルーツ、美味しくなかったです〜！
始まりの１ページ：高い塔を乗り越えて
当ても無く旅を始めたヨッシーたち。辺りで一番高いとこ、まずは登ってみました……。なんとかてっぺんたどり着き、キョロリと辺りを見渡してみても、どっちへゆけばいいのか判りません。ほんとにスーパー幸せのツリーを取り返すことが出来るでしょうか？ちょっと不安なヨッシーたち。
閉ざされた２ページ：ウンババの住むところ
次のページに来てみたけれど、そこにはとてもあっつくて恐ろしいマグマの海が広がってました。でもでも、ここを渡らなければスーパー幸せのツリーのところへはたどり着くことなど出来ません。勇気を振り絞って進むヨッシー。ウンババたちに邪魔されながらも、なんとか渡ることが出来ました。
雲の３ページ：雲の間を抜けて
ヨッシーたちが歩いていると、空へと続く雲の道。ここを進めば近道かもね？雲はフワフワいい気持ち。落っこちないかは心配だけど、気分は最高空の旅。最後に出てきたボスのクモガシは、とってもあま〜くて美味しくて、お腹いっぱい幸せいっぱい。
ジャングルの４ページ：ガボンの家
ここはどなたの家かしら？小屋を見つけたヨッシーたちは、ちょっとだけお邪魔しまーす。でもでもここは人の家。怒られるのは当たり前。ガボンはたいそうおかんむり。鉄の球を投げつけられて、ごめんなさいとヨッシーたち、一目散に逃げ出しました。
海の５ページ：お魚たっぷり
海は広いな大きいな。泳いで渡るは大変みたい。しかしヨッシー、飛び込みました。初めて泳いだ海の底。とっ〜ても気持ちがいいけれど、今はそれどころじゃないみたい。邪魔なお魚払いのけ、向こう岸までたどり着けたみたい。旅はいよいよクライマックス！
最後の６ページ：リフトなお城
やっとの思いでやってきた、最後のページの大きなお城。果たして何が待ってるのやら。いたのは事件の張本人、ヨッシーの宿敵ベビークッパ！最後のバトルの始まりです！小さくてもさすがはヨッシー！クッパはコカメックたちに連れられて、大きな涙を流していました。
もうもうダメかと思ったけれど、スーパー幸せのツリーを見れば、ヨッシーたちの疲れも吹っ飛びます。ヨッシー幸せ、みんなも幸せ。島中幸せな気持ちで満たされ、クッパの魔法は解けたのでした！
めでたし、めでたし。