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大航海時代外伝・エンディング（サルヴァドル編）
※基本的に一本道のミランダ編と違い、中盤でいろいろと展開の分岐があります。
（ラストに至るまでのあらすじ）
海賊王ハイレディン・レイスの息子として産まれた青年、サルヴァドル。
同い年ながらも艦隊を任されるジョカ・ダ・シルバへの焦りからか、独断で船を襲うがそれを機に古強者の副官・ホーレスと共に海賊として旗揚げすることになる。
一味のちんぴら・リオーノもハイレディンの命で合流し、海賊として徐々に名を上げていくサルヴァドル。
マホメッド・シャルークが支配するニコシア攻略の先陣を争っての名声競争や敵の先陣艦隊の襲撃、新兵器である重カノン砲の入手などを経て、いよいよニコシアでシャルークと対決する。
罠に嵌められ友軍のトーゴ、ジョカの艦隊は壊滅させられるが何とかシャルークを撃破し、その時にサルヴァドルの母の話をホーレスから聞くことになる。
しかし、本拠地・アルジェに戻ったサルヴァドルは失態の責任を取らされ（ちなみにジョカは逃げ延びていた）、リオーノと離れ離れになり最前線送りになりかけるが、何とか脱出し偶然通りかかったミランダに助けられる。
ハイレディンたちは伝説の鎧「ロキの鎧」を探しに行ったようだが、そのさなかではぐれたリオーノと再会することになるも、彼はサルヴァドルに戦いを挑んできた。
何とか切り抜け、ハイレディンと対峙する。ハイレディンとの一騎討ちの末ハイレディンを倒すが、そこに乱入してきたジョカがハイレディンにとどめを刺し、その汚名をサルヴァドルに擦り付け去っていく。
「カーチャス・ディアブロ（悪魔殺し）」のあだ名を付けられたサルヴァドルだが、ポルトガルの漂着者ガスパルから、新大陸に造られた巨大な海上要塞の話を聞き新大陸へ向かう（この要塞はかつて「大航海時代２」でジョアン・カタリーナ・イスパニア無敵艦隊連合軍に壊滅されられた秘密結社「プレステア」が造っていた物を改造したもの）。
カイエンヌで砲術の研究家ウォルフ博士を助け出し、ハイレディンがどの国にも属さない「海の民の英雄」としてその自由を守るため戦っていたことを聞く。そしてウォルフ博士が開発した最強の大砲・キャロネード砲を手に入れることになる。
父の仇を討つため、そしてジョカとの決着を付けるためサルヴァドルは決戦の地・アマゾン川の河口へと向かう。
（本文）
ついにジョカたちの要塞があるアマゾン川へと到着したサルヴァドル達。
しかし…
ジョカ「今頃来ても手遅れだ、サルヴァドル。すでに事は成った。俺はハイレディンを越える」
サルヴァドル「ジョカ…………」
ジョカ「やつの手に渡ったら、この要塞もただの盾だ。だが俺は剣として使う。この要塞は陸の上でのうのうと生きている奴らに突きつける神の剣だ。今度は俺たちが追い立てる番だ。今まで俺たちがどんな目にあってきたか、奴らに思い知らせてやる！」
そしてジョカが乗り込んだ海上要塞が、三隻のガレオン船に牽引されその姿を現す。
ホーレス「……提督、こいつが………」
サルヴァドル「……あれが親父の言っていた要塞か」
牽引していた鎖が外される。
（「ロキの鎧」探索の最後、リオーノとの一騎討ちで３回とも引き分けていたら）
それと共に一隻の船が目の前に現れる。
リオーノ「相変わらずだな、提督。こんな化け物にまともに食ってかかるなんて」
一騎討ちの後、サルヴァドルに「ロキの鎧」を託し去っていったリオーノだった！
サルヴァドル「リオーノ！お前……」
リオーノ「提督にはストックホルムで借りができちまったからな。このままじゃ気が済まなくてよ」
サルヴァドル「来てくれたのか、リオーノ！」
リオーノ「借りはきっちり返すってのが俺の主義でね。お頭の借りはグワサングで返した。提督のは…これでチャラにしてくれ。悪いが今の俺には、これが精一杯さ」
サルヴァドル「リオーノ、待て、リオーノ！奴ら相手にその船じゃ……」
リオーノ「後は頼んだぜ、提督」
そういうや否やリオーノは三隻のガレオン船目掛け突撃し、道連れにして沈める。
サルヴァドル「リオーノ！」
そしてサルヴァドルとジョカの最後の決戦が始まる。
海上要塞の６基の砲台を砲撃や斬込みで沈黙させ、ジョカが指揮する要塞中心部に肉薄する。
そして戦いの果て、ついにジョカを倒すことに成功した！！
ホーレス「お見事！」
ジョカ「お前は……海賊として生まれながら、なぜ、俺たちと違う道を歩んだ……お前は俺たちの…………………仲間じゃなかったのか……？」
ロンドン王宮。オットー（大航海時代２の主人公の１人。イギリスの私掠艦隊の提督）とマシュー（オットーの副官の荒くれ者）が話し合っている。
マシュー「準備、整いやしたぜ」
オットー「わかった、出航するぞ」
そこに１人の兵士が駆け込んでくる。
兵士「し、司令、お待ちください。帰港した外洋艦隊から報告がありました！」
オットー「何があった？」
兵士「新大陸で確認された、例の巨大な戦艦のことなのですが…」
オットー「うむ、そのことなら聞いている。私も気になっていたところだ。ちょうど新艦隊の編成が終わったところだ、今から出撃する」
兵士「それが……報告によりますと新大陸の巨大戦艦を突如現れた海賊艦隊が襲撃、巨大戦艦は大破、海賊艦隊はカリブ海域にて姿を消した、とのことです……」
オットー「……そうか、ご苦労だった。さがっていいぞ」
兵士、退出していく。
マシュー「ちぇっ、つまんねえな、せっかく最新型の船が試せると思ったのによ」
オットー「何だ？マシュー、憂慮すべき事態は回避されたのだ、喜ぶべきではないか？」
マシュー「嬉しくなんかないですよ、新生王室海軍の力が試せる絶好の機会だったのに…」
オットー「そうか……ならばマシュー、気を落とすことはない。我々にはまだ、やらねばならない事がある」
マシュー「ですが、提督、要塞はもうなくなっちまったし、当面の敵って言ったって…」
オットー「カリブに消えた海賊艦隊を追う。その艦隊はおそらく海賊サルヴァドルのものだ。あの海賊にはギルバート艦隊襲撃の件で用がある」
マシュー「あっ、そうか、提督！じゃあ……」
オットー「マシュー、直ちに出航するぞ」
そして２人は出発する。
サルヴァドルの冒険の回想。
まずはジョカへの焦りから、単独で出撃した初陣の日の時。
ナポリで、地中海最弱の海賊、ヤコブ・ワルウェイクを待ち伏せる際にミランダと出会った時。
ニコシア襲撃の際、先発隊として潜入するも罠に掛かり窮地に立たされた時。
「悪龍の鱗」の手掛かりを得るためナポリのジュリアーノ教授を訪ねた時。
「ロキの鎧」探索行の最後、行方知れずになっていたリオーノと対峙した時。
カイエンヌで捕われていたウォルフ教授を救出した時。
セウタ酒場。レベッカ（海賊専門の女賞金稼ぎ）がある男と話していた。
レベッカ「……ふうん、そうだったの。じゃあ、あなたも元気でね」
男が去ったのと同時に、アンナ（酒場女）が話しかけてくる。
アンナ「ねえねえ、何の話？」
レベッカ「え？ああ、例の海賊の話よ」
アンナ「そう、そういえば……」
アンナは１枚の手配書を持ってくる。
アンナ「最近こんなものが出回ってるわよ」
レベッカ「……えー、なになに？「海賊サルヴァドル・レイス 通称 カーチャス・ディアブロ 海賊首領 近年各国の艦隊に 多大なる被害を及ぼす 所在 新大陸 賞金３００万 生死を問わず」へえ、あのお兄さんもずいぶんずいぶん偉くなったわね」
アンナ「でしょ？どうりで最近、見かけないわけよ」
レベッカ「でもアンナ、これ見てよ。この人相書き、全然似てないわよねえ」
アンナ「あら、そうかしら……」
レベッカ「本物はもっと、いい男だったわ」
そして酒場を去っていくレベッカ。
（そしてスタッフロール）
