スペースコロニーARKの究極兵器、エクリプスキャノンに寄生した究極生命体のプロトタイプ、
バイオリザードの最終形態、ファイナルハザードを倒したスーパー化したソニック＆シャドウ。
しかしプロトタイプを倒したとしても、コロニーの墜落はまだ止まっていなかった。
そのためソニックとシャドウはお互い力を合わせながら、真っ直ぐコロニーへ飛んで行った。
ソニック「これ以上行かせるか！！」
マリア（お願い、シャドウ。）
するとシャドウの頭の中からマリアの声が聞こえる･･･。
シャドウ「マリア！」
マリア（･･･みんなの願いを、叶えてあげて！！）
その言葉を聞き取れたシャドウは、ソニックと供に後もう少しで地上へ衝突するコロニーへ辿り着く。
ソニック「今だ！ シャドウ！！」
彼がシャドウに合図すると、二人は手から一つエネルギーの塊を引き出す。
ソニック・シャドウ「カオス！！ コントロールッ！！」
二人はそのエネルギーをコロニーにぶつけると、コロニーは巨大なエネルギーに包まれ、一瞬に消えた。
シャドウ「マリア･･･これでいいんだろ？」
力尽きた彼が心の中からそう言い残し、そのまま地上の大気圏へ落ち、姿を消す･･･。
その後、スペースコロニーARKの墜落は阻止され、無事宇宙に戻った。
その映像は世界中に放映され、各国の人々は大喜びに騒いだ。
一方ARKの研究室では、元の姿に戻ったソニックは無事帰って来た。
彼の帰りを待っていたテイルス、ナックルズ、エミー、ルージュ、そしてDr.エッグマンは彼に振り向く。
ルージュ「シャドウは？」
彼女がソニックに問い掛けると、ソニックは無言のまま頭を振った。
するとソニックは彼女にある物を手渡す。
それは恐らく、シャドウのグローブについていたリミッターである。
彼がそれをルージュに手渡した後、そのまま窓の方へ歩いて行った。
ルージュ「ねえ？ 彼は本当に･･･ジェラルドが作った復讐の道具･･･だったのかしら？」
ソニック「ヤツはヤツさ。 命をかけてあの星を護ったハリネズミ・・・シャドウ・ザ・ヘッジホッグさ･･･。」
ルージュ「そうね・・・。」
その間、Dr.エッグマンとテイルスは珍しくも一緒に窓の外を眺めていた。
エッグマン「幼いワシにとって、ジイさんはまさにヒーローじゃった。 子供心にいつかはジイさんのような
科学者になる事を夢見たもんじゃ･･･。 じゃが・・・ジイさんは本気でワシらを滅ぼしたかったんじゃろうか？」
テイルス「さあね･･･ただ言える事は、僕たちはやった！って事だよ！」
エッグマン「・・・そうじゃな・・・。」
その間、ルージュは窓の外を眺めていて、ナックルズは彼女の所へ歩いて行く。
ナックルズ「どうすんだ、お前？ まだエメラルド追いかけ回すつもりか？」
ルージュ「やめとく！ なんか、苦労の割に儲けなさそうだし。 ･･･それに、今回は宝石よりも良い物が
手に入ったから･･･それでチャラにしとくわ！」
ナックルズ「なるほど･･･。」
その間、ソニックは一人で窓の外を見ていた。
ソニック「作られた･･･究極生命体か･･･。」
彼が小声でそう呟いた後、後ろからエミーが駆け付けた。
エミー「どうしたの、ソニック？」
彼女がソニックにそう問い掛けると、ソニックは彼女に振り向き、頭を振った。
ソニック「いやあ、なんでもない！ さあ帰ろう！ オレとおんなじ青くて丸い･･･あの星へ！！」
彼がそう言った後、全員研究室から出た。
だがソニックは途中で立ち止まり、一度だけ振り向いた。
ソニック「Adios...Shadow the Hedgehog...」
彼がそう言い残した後、そのまま歩き去った。
そしてそのまま何もなかったかのように宇宙へ浮かび続けるスペースコロニーARKは、青く輝く星の上を回り続けた･･･。
A new day brings new adventure.
But for now...
Rest easy heroes.
ED画面では、赤く輝く星からシャドウの最後の姿が映り出していた･･･。