エミリア編には２つのエンディングが存在します。
１つはレンが悪人だった場合、もう１つはレンが仮面に操られていた場合です。
そしてこれはレン悪人だった場合のエンディングです。
エミリア「みんな、返事して・・・」
※ジョーカーが現れる
エミリア「ジョーカー・・・」
ジョーカー「君には撃てないよ、エミリア。」
エミリア「来ないで・・・」
ジョーカー「邪魔な連中は、瓦礫の下だ。二人で「キューブ」の力を使って、
すべてを手に入れよう。」
エミリア「誰が、あなたなんかと・・・」
ジョーカー「分かってるだろう、僕の正体・・・」
エミリア「やめて、来ないで。」
ジョーカー「おいで、エミリア。」
エミリア「・・・許さない！」
※エミリア、レンを撃つ。画面が変わり、ルーファス、アニー、ライザが現れる。
エミリア「アニー、ライザ、ルーファス！よかった無事だったのね。」
アニー「もちろんよ。」
ライザ「エミリア・・・あなたは・・・」
エミリア「わたし、何のために今まで戦ってきたのかしら。
何も知らずにいれば、ただの不幸な女でいられたのに。」
ルーファス「仕方あるまい。未来を予測できる者などいないのだから。
いずれにしても、後悔することに変わりはない。」
エミリア「ルーファス、慰めになってないわよ。」
ルーファス「すまん。」
エミリア「ルーファスが謝るなんて・・・私、そんなに落ち込んで見える？ひどい感じ？」
エミリア「アニー、私、少し泣く・・・」
エミリア「大丈夫。泣いて、すっきりしたわ。さあ、ルーファス、次の任務は？」
ルーファス「もういい。お前の顔はもう戦えない顔だ。」
エミリア「ルーファス・・・・」
ライザ「これ以上、何かを背負う必要はないわ。」
エミリア「ライザ・・・・」
アニー「こんなときに変な言い方だけど、楽しかったよ、エミリア。」
エミリア「アニー・・・・」
エミリア「ありがとう、みんな。みんなのこと忘れないから」
ルーファス「忘れていい。いや、忘れろ。君はグラディウスにいたこともないし、
そんな組織のことは知らないこれは命令だ。」
エミリア「最後の命令ね。わかったわ。」
※エミリアが去っていく
アニー「振り向かなかったわね、エミリア。」
ライザ「強くなったわ。」
ルーファス「あれでいい。行くぞ。」
※エミリア、アニー、ライザ、ルーファスの写真がでて終わる。