〜エックス編エンディング〜
シグマ「クク、ククク」
エックス「何がおかしい？
シグマ「この兵器は、すでに地球に向けられている…。もう誰にも止めることはできん！」
エックス「くそっ！」
シグマ「フアーッハッハ！！さらばだッ、エックス！」
シグマは爆発した。ファイナルウェポンを止めようとするエックス。しかし、止める方法がわからなかった。しかし、その時…
エックス「ジェネラル！」
ジェネラル「…私のボディを使えば、この兵器は止められる。」
エックス「しかし、それじゃあなたが！」
ジェネラル「…部下をあれだけ死なせて、生き残るわけにもいくまい。 エックス、愚かな我々を許してくれたまえ…。」
エックス「ジェネラルーッ！」
シグマを倒したエックスは、爆発する宇宙ステーションから、一人乗りの宇宙船で、間一髪で脱出した。
地球を目指して飛ぶ宇宙船の中で、エックスは、カーネルとダブルのことを思いだす。
どちらも、味方だったが、エックスの前に敵としてあらわれたレプリロイドだ。
しばらく、様々なことを考えるエックス。
その時、通信が入る。
モニターにゼロがうつる。
ゼロ「こちらイレギュラーハンター本部。」
エックス「ゼロ！」
ゼロ「無事だったか。エックス。心配かけさせやがって。」
エックス「・・・すまない。」
ゼロ「もういい。はやくかえってゆっくり休め。」
エックス「・・・なぁ。ゼロ。・・・もし、俺がイレギュラー化したら・・・どうする？」
ゼロ「・・・くだらない事を聞くんじゃない。切るぞ。」
エックス「待ってくれ！真剣に聞きたいんだ！」
しばしの沈黙が2人にはしる。
エックス「ゼロ。もし俺がイレギュラー化したら、君が処理してくれ。」
思いつめた表情になるゼロ。
ゼロ「・・・馬鹿なこと言ってないで、さっさと戻って来い。」
エックス「約束だよ。ゼロ・・・」
…戦いは終わった。
しかし、エックスの心をたとえようのない不安がよぎる。
「イレギュラー」とは、一体何なのか？ …もしかしたら、自分自身もイレギュラーとなってしまうのか？不吉な予感は現実となり、二人のハンターを運命の闘いへと導く。
そう遠くない未来で…
〜ゼロ編エンディング〜
シグマ「クク、ククク」
ゼロ「何がおかしい？
シグマ「この兵器は、すでに地球に向けられている…。もう誰にも止めることはできん！」
ゼロ「くそ、なんてことだ！」
シグマ「フアーッハッハ！！さらばだッ、ゼロ！」
シグマは爆発した。ファイナルウェポンを止めようとするゼロ。しかし、止める方法がわからなかった。しかし、その時…
ゼロ「ジェネラル！」
ジェネラル「…ゼロか…。私は…愚かだった。シグマの作戦に、まんまと乗せられてしまった…。」
ゼロ「もういい！」
ジェネラル「…私のボディを使えば、この兵器は止められる。」
ゼロ「しかし、そんなことをしたらあんたが！」
ジェネラル「…これが軍人の生き方だ。さらばだ、ゼロ！」
ゼロ「ジェネラルーッ！！！」
シグマを倒したゼロは、爆発する宇宙ステーションから、一人乗りの宇宙船で、間一髪で脱出した。
地球を目指して飛ぶ宇宙船の中で、アイリスのことを思い出す。
彼女はゼロの味方だったが、最終的にはゼロの手で処分してしまった。
ゼロは、ひとりつぶやいた。
ゼロ「これが…本当の俺なのか？本当の俺って奴なのか？結局誰も助けられなかった。アイリス…。アイリス…俺達レプリロイドは結局みんな、イレギュラーなのか…？」
…戦いは終わった。
しかし、蘇りつつある過去の記憶がゼロの心に迷いを生じさせる。
…イレギュラーを許せないハンターとしての自分……「アイツ」を倒す定めを負った、本当の自分…全く異なる二つの運命…そして、ゼロの決断はついに二人のハンターを悲劇へと導く。
そう遠くない未来で…