※このゲームは３パターン（バッド、ノーマル、グッド）のエンディングがありますが、これはグッドエンディングです。
あらすじ
仲間達との連係によりルパンはゲーブルタワーのセキュリティをくぐり抜け、見事キング・ジョンソン号に潜入した。
しかしその途中で彼はとてつもない真実を目の当たりにした。
それは、チャリティーオークションは隠れみので実際は兵器の密売が目的のものであった。
その兵器とは、鉱石『クリストファーＸ（エックス）』を使った調合金ドリルミサイルである。
さらにはその兵器を撲滅する為の組織『サビオラの戦士』との抗争に巻き込まれてしまった。
ジョンソンはルパンの始末に失敗したゲーブルを殺し、飛行船で海外に逃亡しようとした。
それを阻止する為ルパン達は行動を開始した。そして仕事の最中にであった『ナディア』という女性も
何かの縁かルパンに協力をする。しかし彼女はジョンソンの凶弾によって重症を負わされてしまった。
そしてルパンは、ナディアから全てを聞かされた。それはナディアもまたサビオラの戦士の一人だった。
３年前にゴマーに誘拐され、養父であるジョンソンの実態を知りゴマーと共に行動をしていたのだが
それがバレてしまい「ゴマーを裏切らなければ、子供達をすべて殺す」といった。
子供というのは『ジョンソンハウス』の孤児のことでナディアはそれのオーナーであるだけでなく。
自分も元は孤児だったためやむを得ない苦情の選択を選ぶしかなかった。
そしてルパンはナディアを銭形に託し、偽善者であるジョンソンを追い詰めた。
ルパンはジョンソンからコロンブスの最大の発見を聞いた。それはクリストファーＸである。
それをコロンブスは記念にエンブレムを作っただけで価値などなかったのであった。何故なら水に溶けてしまうからである。
しかし合金化すると熱に強く、ダイヤモンドよりも硬くなることが判明した。
ジョンソンはそれを戦争に利用としていた。しかしルパンにはまったく興味なし。
壊れゆく最中ジョンソンはサイボーグをルパンに差し向けるも彼は見事に撃墜した。
そして…………。
サイボーグ大爆発。
ジョンソン「パ、パートナーになりませんか？ふ、二人で世界を征服するのです。」
ルパン「興味ないね。こいつ以外は。」
と航海日誌が入れられているカバンをぶんどる。
ジョンソン「ああ！やめっ！あ、あなたには宝の持ち腐れですよ！」
いきなり船が激しく揺れる。
ルパン「あらぁ！」
そしてジョンソンはカバンの取っての片方を両手で掴む。
ルパンも奪われまいと取っ手を掴んで引っ張る。
ジョンソン「ガァァァア、返ぜぇ！」
ルパン「返すぐらいなら端から盗らねえって！」
ジョンソン「が、がえぜぇぇぇ！」
しかし取り合っている最中にジョンソン側の取っ手が外れ、引っ張った反動でそのまま後ろへ
そして、哀れジョンソン改め偽善者は地面（奈落）に向かってまっ逆さまに落ちていく。
飛行船はさらに激しく揺れ辺りは火の海と化していく。
ルパンは炎から必死に逃げる。たとえ背中に火がつこうとジャンパーを脱いでやり過ごすもここは上空。
結局逃げ場がなくなり火の海に囲まれてしまう。
もはやこれまでかと思っていたその時
不二子「ルパン！」
仲間達がヘリコプターで助けに駆けつけた。
次元「飛べ！」
次元が差し出した手にガシッと捕まり無事脱出。
そしてキング・ジョンソン号は爆発をしながら海に沈み。最後に大きな大爆発を起こしていった。
場所は変わってセントラルパーク
カバンから日誌を取り出す。
ルパン「こいつがコロンブスの航海日誌。」
しかし肝心のエンブレムが無い。
だがルパンは慌てずすぐさま不二子の服の襟元に手をやるとなんとエンブレムがあった。
どうやらちゃっかり取っちゃたようです。
ルパン「それでこいつがクリストファーＸ。」
不二子「いいじゃないこれぐらい。」
ムスッとする不二子。
その時サイレンの音と共に沢山のパトカーがルパンたちの前に現る。
そしてパトカーから銭形を中心に沢山の機動隊がやってきた。
しかしルパンには逃げることよりも気がかりなことがあった。
ルパン「ナディアは？」
銭形「大丈夫だ。」
それを聞いた後ルパンは先程のエンブレムを銭形に向かって投げ渡す。
その時不二子は「あっ！」という顔をする。
ルパン「……やるよ。」
それを受け取る銭形
銭形「これは！」
ルパン「クリストファーＸ。
世界中の軍事国が涎垂らして欲しがってるブツだぜ。」
しかし銭形は見向きせずエンブレムを放り投げる。
不二子「あぁーん！」
不二子は取ろうとするもエンブレムは池に落ちそのまま溶けてなくなってしまった。
銭形「わしの仕事は貴様の逮捕だ。
軍部を喜ばせることじゃない。」
手錠を向ける銭形
ルパン「さすがはとっつあん！クリストファーＸ以上の堅物だぜ。」
次元と五ェ門が感心するなか不二子は銭形に向かって「イーーッ！」という顔をする。
その時ヒューッという音がしてその後ドーン！という大きな音がした。
何故かキング・ジョンソン号の船首にある石像が落ちてきた。
そして銭形は手錠で石像と繋がれてしまい。機動隊員は全員バタンキュー……。
銭形「……ルパン。」
ルパン「とっつあん、じゃあなぁ！」
先程のヘリコプターでとんずらする。
（ネタバレあり。）
白い紙がある。そしてそれに何かが覗き込まれると地図が浮かび上がった。
それを外すとまた白い紙になり、覗き込むと地図になる。
どうやらアジトでルパンが仕事の最中に手に入れた白い紙を望遠鏡で覗いていた。
次元は愛銃を磨き、不二子はペディキュアで足の爪のお手入れをし、五ェ門は座禅をしていた。
そしてルパンは望遠鏡で紙を覗き込みニヤリとほくそ笑む。
とある無人島……
その砂浜で戯れる二人の男女……もとい、ゴマーとナディアである。
二人は何かを探しているようです。
ゴマー「この辺のはずだが……」
突然ナディアが微笑み出す。
ゴマー「どうした？」
ナディア「だって
こんな無人島に二人でいられるなんて
、うれしくて……。」
そしてしばらくしてゴマーが振り向くと……
ゴマー「ナディア！」
ナディア「！」
小さな洞窟を発見した。しかもその壁にはクリストファーＸが……。
ゴマー「……クリストファーＸの洞窟。」
ナディア「ゴマー！見て。」
ナディアが指を指した方向にはなんと大量の黄金が洞窟の奥にあった。
そして二人は予め貰ってた（のか）手紙を見る。
手紙にはこう書かれていた。
『ゴマーの特赦祝いと、ナディアの退院祝いに
ささやかなプレゼントを贈る
ルパン三世』
ゴマー「……これのどこがささやかだ。あの野郎！」
ナディア「これで、不幸な子供達を救える。」
ゴマー「……ああ。」
ナディアの肩に手を添えるゴマー。
そしてお互いを見つめあう。
その様子をルパンは遠くから双眼鏡で見ていた。
次元「どうしたルパン？」
ルパン「いや……なンでもねぇ。」
先程の地図らしき紙を放り投げる。
そして４人がしばらく歩いていると……
次元「おい、ルパン！」
ルパン「船乗りのコロンブスには水は何より貴重だったンだ。」
４人の視線の先には轟々と流れる滝があり、その風景は絶景そのものであった。
不二子「……６００年前にコロンブスが眺めた風景かぁ
こんな宝より黄金はぁ？」
と不二子は辺りをキョロキョロ見渡す。
しかししばらくすると……どうやら風景に見とれたようだ。
不二子「……でも、素敵ね。」
次元と五ェ門の風景に見惚れる。
ルパン「どんなにキレイな風景でもおまえにはかなわないよ不二子。」
不二子「うふッ、うれしい。」
不二子、ルパンに抱きつく。ルパンは思わず顔がにやける。
次元「……風景が台無しだ。」
五ェ門「……無粋な。」
ルパン「おいおい、妬くなよぉ！」
不二子に抱きつかれたまま二人に詰め寄ろうとすると……
？「ルパァァァン。」
銭形の声がしたかと思って４人が声のしたほうを振り向くと……
銭形「逮捕だぁ！」
なんと本当に銭形がイカダを作ってまで追ってきた。
ルパン「とっつあん！？
ったく、働き者なンだからぁ！」
走って逃げ出す４人と追う銭形。
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