●エンディングまでのあらすじ
閻魔大王の宝珠の力により、古よりの封印を破り復活した宇宙妖怪の首領・天魔大王。
そのすさまじい力で全てを破壊せんとするこの怪物を阻止するため、戦いに臨む鬼太郎。
一反木綿に乗り、空中戦を挑んだ鬼太郎は、天魔大王の恐るべき攻撃を受けながらも、ついにこれを倒すことに成功する・・・
●エンディング
バゴオオン！（鬼太郎に敗北し、爆発・消滅していく天魔大王）
鬼太郎「やったぞ！！ 大王をたおしたぞ」
（大王復活に使われた閻魔大王の宝珠が地面に転がり落ちる）
鬼太郎「ああっ宝珠が！！」
地獄童子「鬼太郎、その宝珠はまだ三つ願い事をかなえる事ができるぞ」
鬼太郎「三つか・・・まず、壊された町をもとどおりにしよう」
（天魔大王に破壊された町が宝珠の力で元通りになっていく）
目玉の親父「つぎに、この時代の鬼太郎を生きかえらすのじゃ」
（妖怪裁判で処刑された1999年の鬼太郎に魂が戻り復活する）
地獄童子「後は、壊れた石臼をなおしてもとの世界にかえるんだ」
「お前が来てくれて助かったよ」
鬼太郎「それじゃあ元気でな。こっちの僕にもよろしくいっといてくれ」
（戦いを終えもとの世界に帰ろうとする鬼太郎。だが、突然どこからか触手が伸びてきた）
（触手の主は天魔大王に仕える宇宙妖怪ミミーン。鬼太郎に倒されたはずなのだが・・・）
地獄童子「まだ生きていたのか！」
（ミミーンの触手を受け止めている地獄童子）
地獄童子「鬼太郎！！ このしつこい奴はおれにまかせてお前はかえるんだ」
鬼太郎「しかし地獄童子・・・」
目玉の親父「地獄童子ならばだいじょぶじゃ。いくぞ鬼太郎！！」
鬼太郎「たのんだぞ地獄童子！」
（その場を地獄童子に任せた鬼太郎と目玉の親父）
クルーン、クルーン・・・（時を越える石臼の力で過去に戻る鬼太郎・・・）
「それから 数日後・・・」
（1999年から無事に1993年に戻ってきた鬼太郎）
鬼太郎「ありがとうユメコちゃん。君のおかげで助かったよ」
ユメコ「えっ、何のこと・・・」
（鬼太郎に危機を知らせる手紙を送ったのは1999年のユメコである。そのため1993年のユメコは何も知らないのだ・・・）
鬼太郎「あっ・・・いや なんでもないよ。とにかく どうもありがとうユメコちゃん」
（こうして事件は解決。鬼太郎はまたゲゲゲの森で平和な時を過ごすのであろう・・・・）
おわり
（スタッフロールが流れ、妖怪たちの姿が映し出される）
（最後に鬼太郎ファミリーが勢ぞろいしている姿で終わり・・・・・かと思ったら・・・・・・）
（鬼太郎ファミリーの集まりから、1分が経過すると画面が変わり地獄童子が現れる）
（なぜか邪悪な雰囲気を漂わせる地獄童子。その腕が刃物に変わる）
（それはあの宇宙妖怪ミミーンの腕だった・・・・・）