＊これはChapter-Final終了後の通常エンディングです。
＊主人公はフシギダネ、パートナーはミズゴロウです。どのポケモンを選んでも、セリフの内容は変わりません。
＞遂に次元の塔の最上階で暴走したディアルガを倒した主人公たち
＞揺れる塔の上でどうにか時の歯車を納めるが、揺れは一向に収まらない。そのとき、ひときわ大きな雷が落ちてきて、辺りは真っ白になった。
フシギダネ：（……。…………。………………。……ううっ……。うううっ……こ、ここは……）
＞気がつくと、塔の揺れは収まっている。近くにミズゴロウも倒れている。
フシギダネ：（こ、ここは……。ミ、ミズゴロウ……）
ミズゴロウ：……。……ううっ……うーん……。あ……フシギダネ……。こ、ここは……？
ディアルガ：ここは……次元の塔だ。
ミズゴロウ：あっ！ディ、ディアルガ！
ディアルガ：構えなくてもよい。正気は取り戻した。
ミズゴロウ：えっ？
ディアルガ：次元の塔も大分崩れてしまったが……何とか持ちこたえた。これを見てくれ。
＞ディアルガは、世界の様子を見せた。
ミズゴロウ：こ、これは……。
フシギダネ：（これはディアルガがテレパシーか何かで……私たちに映像を送り込んでいるのね）
ミズゴロウ：ここは……キザキの森だね。……！そうだ！キザキの森は時が止まっていたはずなのに……。時間が……時間がまた動き出しているよ！
ミズゴロウ：トレジャータウンだ！みんな元気そうにしている！
ミズゴロウ：次元の塔だ。だいぶ壊れちゃってるけど……でも……しっかりと残っている！次元の塔は崩れ落ちずに……何とか残ったんだ！
ディアルガ：次元の塔は残り、時が戻ったことにより……止まっていた各地の時間もまた、動き始めた。次元の塔の破壊が止められたことで……星の停止を免れたのだ。世界の平和は…・・・保たれたのだ。
ミズゴロウ：ホ……ホント！？やった！フシギダネ！ボクたちはついにやったんだよ！！世界は平和になったんだ！！
ディアルガ：礼を言わせてくれ。よくぞ、幻の大地まで到達し……暴走するわたしを恐れず……次元の塔の破壊を食い止めてくれた。ありがとう。すべてはお前達のお陰だ。
ミズゴロウ：ディ……ディアルガ……。
ディアルガ：しかしまだ、すべてが収まったわけではない。わたしもこれからすぐに、次元の塔を修復しなくては。幻の大地もだいぶ荒れてしまったが……それでも、まだ虹の石舟は動くだろうし……ラプラスもお前たちを待っているはずだ。
ミズゴロウ：うん！フシギダネ！帰ろう！トレジャータウンに！
＞次元の塔から虹の石舟に続く道。
ミズゴロウ：どうしたの？フシギダネ。早く行こう。
フシギダネ：（…………。………………。身体が……重い……。なんでこんなにも……身体が動かないのかな……。まるで……足に錘が付いているみたい……。やっぱり……歴史を変えたことで……自分の消滅のときが……近づいているのかな……）
ミズゴロウ：地響きだ！揺れが止まった……。まだ完全には収まってないのかもしれないね……。行こう。フシギダネ。
＞フシギダネの身体から光の粒が立ち上がり始める。
フシギダネ：（……！こ…この光は……。……そっか……。やっぱり、とうとう……とうとう、このときが来たのね……。私がミズゴロウと一緒にいられるのも……ここまでね……）
ミズゴロウ：おーい！フシギダネー！あれ？フシギダネ……。どうしたの？その身体……。
フシギダネ：ごめんね……ミズゴロウ。ずっと話せなくて……。どうやら……ここでお別れみたい……。
ミズゴロウ：ええっ？……お、お別れだって！？どういうことなの？
フシギダネ：ヨノワールが言ってたの。歴史を変えると、未来のポケモンは消えてしまうって……。だから私も……消える運命にある……。
ミズゴロウ：え？ええ？ど、どうして？な、何でなの？……。よくわかんないよ。
フシギダネ：今まで本当にありがとう。私はここで消えてしまうけど……でも、ミズゴロウのことは……ずっと、忘れない。
ミズゴロウ：ちょ、ちょっと、待ってよ……。ボク、フシギダネがいたから、ここまで頑張れたんだよ？フシギダネがいたから……強くなれたんだよ……？フシギダネがいなくなったら……ボクは……。ボクは、もう……どうしたら……。
フシギダネ：ダメよ。ミズゴロウ。１匹でも強く生きるのよ。ちゃんと生きて帰って……ここであったことを、みんなに話すのよ。こんなことは、もう……二度と起こさないためにも……。
ミズゴロウ：ううっ……フシギダネ……。
フシギダネ：（……！光が……。光が、強くなってきた……）
ミズゴロウ：ダメだ！フシギダネ！行っちゃ……ダメだ……。
フシギダネ：ミズゴロウ。今まで、ありがとう。一緒にギルドで修行して……一緒に冒険できて……ミズゴロウに出会えて……本当によかった……。
ミズゴロウ：フシギダネ……待ってよ……。
フシギダネ：でも、ごめんね。せっかく友達になれたのに……。
ミズゴロウ：そうだよ。フシギダネ。キミはボクにとって……何よりも大切な……。
フシギダネ：うん。私もよ。ミズゴロウのことは……ここで消えてしまっても……ずっと忘れない……。
＞光に包まれて、フシギダネは消えた。
ミズゴロウ：フシギダネ！フシギダネ！！フシギダネーーーーーー！！
＞虹の石舟に続く道を、ミズゴロウは一匹で進む。
ミズゴロウ：…………。……生きて……生きて帰らなきゃ……。帰って……このことを、みんなに話すんだ。それが……フシギダネの……フシギダネの……最後の願いだから……。あ……あれは……虹の石舟だ……。
＞ミズゴロウは虹の石舟に乗る。
ミズゴロウ：次元の塔が……遠くなっていく……。…………。フシギダネが……フシギダネが、離れていく……。フシギダネ……。
＊：こうしてフシギダネとミズゴロウは……見事、使命を果たし……世界の危機を救いました。また、ミズゴロウは……崩れた幻の大地を踏み越え……ラプラスに乗り……無事、トレジャータウンへ帰り着くのでした。ミズゴロウはギルドに帰ってくると……みんなに今回の冒険のことを話しました。幻の大地で起きたこと……、次元の塔でのこと……、ジュプトルやフシギダネのこと……、もちろん、時の破壊を防ぐことができ……世界が平和になったことも……。そしてミズゴロウは色々な場所で……できる限り多くのポケモンに……今回あったことを必死に伝えたのです。世界の平和を願うように……未来の平和を祈るように……。そうして月日は流れ……トレジャータウンにも平穏な日々が過ぎてゆきました。そして今回の事件のほとぼりも……だいぶ冷めてきたころ……。
＞ギルド前。
ビッパ：あれ？ミズゴロウ、お出かけゲスか？
ミズゴロウ：うん。ちょっと散歩にね。
ビッパ：そうでゲスか〜。もうちょっとで夕飯だから、早く帰ってくるでゲスよ〜。
ミズゴロウ：うん。わかったよ。
＞海岸。クラブたちが泡を吹いている。
ミズゴロウ：わあ〜！キレイだあ！久しぶりに見たけど、やっぱりキレイだなぁ。今まで忙しくて見にいけなかったけど……やっぱりいいよね。この光景は。…………前にここで見たのって、いつだっけ？前に見たのって……。……そっか……。前に見たのは……フシギダネと……初めて出会ったときだ……。
＞回想
ミズゴロウ：わっ！誰か倒れてるよ！キミ、どうしたの！？大丈夫！？
＞回想終了
ミズゴロウ：あのときも、こんな風景だった……。そしてここから……ボクとフシギダネの……冒険が始まったんだ……。
＞回想
ミズゴロウ：ボクと一緒に探検隊やってくれないかな？フシギダネとなら、探検隊をやれるような気がするんだ。だから、どうかな？ねえ、お願い！
ミズゴロウ：ありゃ！ボクのお腹が鳴ったよ！ハハハハ！フシギダネのお腹も鳴った！ボクたち、お腹が空いてたんだね！ルリリを助けるのに必死だったからね。気が付かなかったよ。ハハハハ！気が付いたら、余計お腹が減ってきちゃったね！早くご飯食べに行こう！フシギダネ！
ミズゴロウ：ボク、フシギダネを信じる！フシギダネを信じるよ！
ミズゴロウ：やっぱりボク、探検隊になってよかったって思ったよ。そしていつかは、この遺跡のかけらの秘密を解く。それがボクの夢なんだ。もし本当に夢が叶ったら……ボク、もう嬉しすぎて死んじゃうかもね！ハハハハハハ！！
グラードン；グオオオオオオッッ！
ミズゴロウ：ううっ、怖い……。でも……勇気だ！勇気を出さなきゃ！フシギダネ！頑張ろうね！
ミズゴロウ：…………。……フシギダネ、見てる？ホント、キレイだよね……。
ミズゴロウ：あっ！
フシギダネ：（ロープに亀裂が！）
ジュプトル：今だ！攻撃を繰り出すんだッ！！
ミズゴロウ：いっけぇぇーーーっ！！
ヤミラミ：ぐわあっ！
ミズゴロウ：フシギダネ、ありがとう。ボクが元気ないから、心配してくれたんだよね。
ミズゴロウ：フシギダネ、頑張ろうね！！
ミズゴロウ：フシギダネ！行こう！あの流砂の中へ！
ミズゴロウ：行こう！フシギダネ！アグノムのいる湖を目指して！
ミズゴロウ：フシギダネ！絶対に……絶対に帰ろうね！自分たちの世界へ！
ミズゴロウ：フシギダネ！ジュプトルのためにも行こう！次元の塔へ！
＞回想終了
ミズゴロウ：今でも感じるよ……。フシギダネと一緒に過ごした思い出を……。フシギダネの……その面影を……。でも、今……フシギダネはいない……。ここに……フシギダネはいないんだ……。
ビッパ：わっ！ミズゴロウ！帰りが遅いんで心配してたでゲスが……ど、どうしたんでゲスか？
ミズゴロウ：ビ、ビッパ！ビッパーーーーーーッ！！！わあぁぁぁぁぁぁん！！！
ビッパ：わわっ！ホントにどうしたでゲスか！？
＞スタッフロール
＞次元の塔最上階
ディアルガ：ミズゴロウ。お前がここを離れるとき……虹の石舟で別れを告げるとき……お前の悲しみが……ここまで強く伝わってきた。お前が今も願うなら……そしてフシギダネも強く望むのなら……わたしもそれを受け入れよう。お前たちは、この世界に必要な存在だ。だからこそ……託すのだ！お前達に……これからの未来を！これはわたしからの礼だッ！受け取るがいいッ！！グオォォォォォォーーーーッ！！
＞海岸で悲しみにくれるミズゴロウの前に、光に包まれたフシギダネが現れる。
ＥＮＤ