＊これは、本編クリア後にダークライを倒したときに見られる、いわば真エンディングです。
＊主人公はフシギダネ、パートナーはミズゴロウです。
＞闇の火口の奥底にて
ミズゴロウ：行き止まりだよ。ここが一番底のようだけど……ダークライはいないのかな。
ダークライ：待っていたぞ。
ミズゴロウ：ダークライ！！
ダークライ：よく来たな。ミズゴロウ。フシギダネ。
ミズゴロウ：し、知ってるの！？ボクたちのことを！？
ダークライ：ああ、知っている。特にフシギダネ。オマエはな。
フシギダネ：（ど…どういうこと！？）
ダークライ：フシギダネ。お前は、ジュプトルとともにこの世界へ来たとき……事故を起こしているはずだ。
フシギダネ：（事故って……。……！そっか。前に、ジュプトルが言ってた……タイムスリップ中の事故のことか）
＊：……うおっ！だ、大丈夫か？は、離してはダメだ！もう少し……。何とか頑張るんだ！だ、ダメだ……。このままだと……。うわああああああっ！！
ダークライ：あのとき、お前とジュプトルはタイムスリップ中に事故を起こし……互いに離れ離れになった……。そしてお前は人間からポケモンになり……記憶も失った……。しかし……おかしいと思わないか？
フシギダネ：（お……おかしいって？）
ダークライ：そうだ。お前とジュプトルがタイムスリップ中に……なぜ、そんな事故が起こったのか……不思議だとは思わないのか？
フシギダネ：（……………………）
ミズゴロウ：ダ、ダークライは……ダークライは、知ってるというの？
ダークライ：ああ。あの事故を引き起こしたのは……このわたしだからな。
フシギダネ：（な……）
ミズゴロウ：なんだってぇ！？
ダークライ：わたしの目的は……この世界を暗黒に変えることだ。ディアルガが司る時限の塔……。わたしはその時限の塔に細工をし……時が壊れていき……やがて、星の停止に向かうように仕向けたのだ。しかしジュプトルとフシギダネが、それを止めるために未来から来ると知ったので……わたしはジュプトルたちを消すために……タイムスリップ中に攻撃したのだ。ただ…邪魔が入ったので、息の根を止めることは出来なかったが……。それでも、十分なダメージを与えられるはずだった。特にジュプトルにはな。しかし……。フシギダネ。なぜお前は、自分がポケモンになったのか判るか？お前はあの事故のとき……ジュプトルをかばったのだ。
フシギダネ：（ジュ……ジュプトルを！？）
ダークライ：わたしの攻撃から敢えてジュプトルをかばい……そのかばう想いと……タイムスリップ中の異空間が交錯し……お前はポケモンになったのだ。
フシギダネ：（私が……そんなことを……）
ダークライ：わたしはそれで十分だと思った。お前に最早、星の停止を食い止める力はないと思ったからだ。しかし……それは甘かった。お前はミズゴロウと出会い……そして、時限の塔の破壊を食い止めた。お前たちを放っておいたばかりに……わたしの目論みは失敗したのだ。
クレセリア：だから……だから今回は先に、フシギダネたちを葬ろうと考えたのね！自分の計画を邪魔されないために！フシギダネたちを精神的に追い込むために……私のニセモノまで使って！
ダークライ：……………………。
クレセリア：そして今も……ここまでおびきよせ……私たちを始末しようとしている！
ダークライ：…………。確かにそう考えている……。だが……気が変わった。フシギダネ。ミズゴロウ。お前たちは勇気もあり行動力もある。お前たちの命を奪うのは……とても惜しい。だから……わたしと手を組まないか？
ミズゴロウ：えっ？
ダークライ：わたしと一緒に……暗黒の世界を支配してみないか？
ミズゴロウ：ええっ！？
フシギダネ：（ダ、ダークライと一緒に……世界を支配するだって！？）
ダークライ：わたしとお前たちならそれができる。どうだ？やってみないか？
クレセリア：フシギダネ！ミズゴロウ！騙されちゃいけないわ！
ミズゴロウ：…………。
クレセリア：ミズゴロウ！聞いてるの！？
ミズゴロウ：……確かに……ダークライの言うとおりかも……。
クレセリア：ミ、ミズゴロウ！？
ミズゴロウ：どうせボクたちは、ここでダークライにやられちゃうんだ。だったらいっそのこと……ダークライとは……手を組んだほうが……いいかもしれない。
フシギダネ：（ミズゴロウ！ど、どうして！？）
ダークライ：フフフフッ。なかなか賢い選択だな、ミズゴロウ。さあ、フシギダネ。お前はどうするんだ？お前も仲間になったそのときは……手始めに、そこにいるクレセリアを……我々３匹で消そう。
クレセリア：な、何ですって！？
ダークライ：さあ、フシギダネもこっちに来てくれ。
クレセリア：い、行っちゃダメ！フシギダネ！
ミズゴロウ：ここに来てよ、フシギダネ。
クレセリア：ミズゴロウ！
ミズゴロウ：フシギダネが来てくれないと……ボク、ダークライにやられちゃうよ……。
フシギダネ：（ミ、ミズゴロウ……）
＞フシギダネはダークライの前に向かった。
ダークライ：フフフッ。さあ、どうする？フシギダネ。わたしと手を組むか？
フシギダネ：（…………）
ミズゴロウ：暗黒の世界は素晴らしいよ、フシギダネ……。
ダークライ：ホラ。お前の相棒も、せっかくこう言ってるんだ。一緒に世界を支配してみないか？そしてお前は……暗黒世界の王となるのだ。
フシギダネ：（……………………）
ダークライ：さあ、フシギダネ。よく考えて答えてくれ。わたしやミズゴロウと一緒に……世界を支配するよな？
＞ここで選択肢。「……………………。」と「そんなこと できない！」の二択。ここでは後者を選択。
フシギダネ：（そんなこと……できるわけがない！これは……これは……）
これは悪夢の中だっ！！
ダークライ：ぐおっ！
ミズゴロウ：フシギダネ！
クレセリア：フシギダネ！
ダークライ：キ……キサマァッ！
フシギダネ：（やっぱり！やっぱり私は……ダークライに幻覚を見せられていたんだ！危ないところだった！）
ダークライ：も、もう少しのところをッ！！フシギダネ！それが貴様の答えか！
フシギダネ：（当たり前よ！ミズゴロウがあんなことを言うわけがない！それに、ダークライと……手なんか組めるか！暗黒の世界になんて……絶対にさせない！）
ダークライ：フッ……よかろう。お前は選択を誤った。残念だが……お前たちには消えてもらおう。
＞辺りにモンスターが登場する。
ミズゴロウ：わわっ！囲まれたっ！
クレセリア：やっぱり。こんなことじゃないかと思ってたわ！
ダークライ：フフッ、何とでも言え！お前たちをここで始末し……わたしは、暗黒世界の……王となるのだ。皆の者、かかれィッ！！
＞ダークライ＆ザコポケモン６匹との戦闘
ダークライ：ぐおっ！ぐおおおおおっ！
クレセリア：や…やった……。
ダークライ：うぐぐぐぐっ！
クレセリア：これで最後だわ！ダークライ！
ダークライ：うぐぐっ……。ク…クレセリア……。言ったはずだ……。お前には……お前には、絶対に捕まらないと！
ミズゴロウ：あっ！あれは！？
フシギダネ：（じ、時空ホール！！）
ダークライ：フフッ……。この時空ホールに入って……未来へ行くのか……それとも過去に遡るのか……わたしにもわからない。しかし！この世界は無理だったが……違う時代から暗黒に変えてやろう。
ミズゴロウ：や、やめろっ！ダークライ！！
クレセリア：逃がさないわっ！
ミズゴロウ：うぐ……。
ダークライ：フフッ。残念だな。あとはここに飛び込むだけでタイムスリップできる。わたしを捕まえることはできない。
クレセリア：ああっ……。
ダークライ：さらばだッ！お前たち！
ミズゴロウ：ううっ……。
ダークライ：フフフッ！悪いな！最後はわたしの……わたしの勝ちだッ！！
パルキア：そうはさせんッ！
ダークライ：な…なにいッ！！
＞パルキアが現れる
ダークライ：お、お前はッ！？
ミズゴロウ：パ、パルキアッ！
パルキア：空間の歪みを拡げた罪は重いぞッ！ダークライ！正義の鉄槌だ！食らえッ！グオオオオオオオオオオオッ！
ダークライ：うわ……うわああああっ！
パルキア：逃がすかァッ！！
ダークライ：ギャアアアアアアアッ！！
＞時空ホールが粉々に消え去る
フシギダネ：（じ、時空ホールが……）
クレセリア：く、砕け散った……。ダークライもろとも……。
ミズゴロウ：さっき……ダークライの悲鳴も聞こえたけど……ダークライは消えちゃったのかな？
パルキア：いや。それはない。ダメージはかなり負ったはずだし……どこに飛ばされたのかも判らないが……どこかで……生きてはいるはずだ。
ミズゴロウ：じゃあ、傷が治ったら……また、ダークライは悪いことを始めるんじゃ……。
クレセリア：どうでしょう。それは判りませんが……ダークライが時空ホールに飛び込んだとき……既にタイムスリップに入ったと思われます。そしてそのとき、パルキアの攻撃を受けた……。ダークライの話だと……以前フシギダネさんが未来から来たとき……ダークライの攻撃を受け……記憶を失ったと言ってましたよね。ということは……ダークライも、フシギダネさんと同じように……記憶を失ってしまった可能性が高いと思われます。
ミズゴロウ：ダークライが記憶を！？
クレセリア：おそらくダークライは、記憶を失くしたまま……この世界のどこかをさまよっているのではないでしょうか。
ミズゴロウ：ダークライが……。
パルキア：とにかく。しばらくは、空間の歪みを拡げられることもないだろう。俺は空の裂け目に戻る。ここへ降りて来ることももうないだろう。さらばだ。グオオオオオオオオオッ！
クレセリア：さあ、私たちも戻りましょうか。
ミズゴロウ：うん！フシギダネ！帰ろう！トレジャータウンに！
こうして……ダークライをめぐるボクたちの戦いは終わった……。
トレジャータウンに帰ってくると……みんなが祝福してくれるんで本当にびっくりしたよ！
たとえダークライに騙されていたとはいえ……ボクもフシギダネも、この世界にいてはダメなのかなって思ったこともあったけど……、でも、こうやってみんなに囲まれると……生きててよかったんだなって……ホント思った。
あと、ルリリも悪夢から醒めたし……みんなも元気でいてくれて本当によかった。
前にプクリンも言ってたけど……世界にいる全てのポケモンに、生きる意味はあるんだと思う。
あれだけ悪いことを企んだ……あのダークライでさえも……。
これからも……ボクとフシギダネの探検は続くだろう。
そしていろんなものを見て……いろんなものを発見するだろう。
相変わらずボクたちは、光の泉に行っても……進化はできないみたいだけど。
でも……ここにいられる……ここに生きて生活できる……それだけでも幸せだって……思うようになったんだ。
フシギダネ。
いつも一緒にありがとう。
これからも頑張ろうね！
そして、これからもよろしくね！