メサイアでは、ネオジェネシスの発射準備を行っていた。
兵『ステーション２、ポジションまで160。』
兵『ネオジェネシス、パワーチャージ40％。』
オーブ所属艦、アークエンジェルはスレッジハマーとイーゲルシュテルンで迎撃を行っていた。
一方アスランの乗るインフィニットジャスティスガンダム（ジャスティス）と、
キラの乗るストライクフリーダムガンダム（フリーダム）は、
レジェンドガンダム（レジェンド）とデスティニーガンダム（デスティニー）と戦っていた。
アスラン『まずいぞキラ！このままではオーブが！』
レイはレジェンドのビームライフルを敵に向けて発射した！しかし当たらない！
レイ『くっ・・・！』
シン『えぇいっ！！』
シンは、デスティニーのソリドゥスフルゴール（背中にあるビームシールド）を展開し、
敵に向かって特攻した！
キラ『アークエンジェルは行って下さい！アスランも！』
キラは、マリューとアスランに命令した。
アスラン『ん？』
マリュー『え？』
キラは、ストライクフリーダムのドラグーン（宇宙世紀ガンダムにおけるファンネル）を射出！
キラ『ジャスティスならシールドを突破できる！この要塞は僕たちで抑えるから！』
ストライクフリーダムの攻撃は、デスティニーに当たった！
シン『あぁっ！』
マリュー『でもそれではエターナルが・・・！』
同じく戦艦、エターナルも迎撃を行っていた。
ラクス『この艦よりもオーブです。オーブがプランに達する最後の砦です。
失えば、世界は飲み込まれる・・・。絶対に守らなくてはなりません。
わたくしたちは、その為にここにいるのです。』
ディアッカとイザークも、オーブ軍に対する攻撃を行っていた。
ディアッカ『どうすんの、イザーク？』
イザーク『くっ・・・、エターナルを援護する！』
ディアッカ『あぁ？』
イザークの作戦に、ディアッカは反論した。
イザーク『ザフトの艦だ、あれは！』
レイは、ジャスティスの後を追った！
レイ『行かせるか！ミネルバは何をやっている！？』
キラは再び、ドラグーンを射出した！
その時、レイの頭に何かを感じていた！
レイ『・・・！？』
フリーダムのドラグーンはレジェンドを狙ったが、回避された！
シン『レイ！くそぉっ、フリーダム！』
キラはSEEDを発動！デスティニーとフリーダムとのビームの撃ち合いをした！
レイも攻撃するが、回避された！その後レイはシンにこう命令した。
レイ『シン、お前はミネルバと共に、アスランとアークエンジェルを追え！』
シン『えっ・・・？』
突然の事に、シンは驚いた。
レイ『フリーダムは、俺が討つ！』
シン『レイ・・・。』
レイ『お前はジャスティスを、今度こそあいつを討つんだ！
そして全てを終わらせる！』
レイの脳裏には、過去のクルーゼとの記憶が走馬灯のように浮かんでいた。
シン『ああ、分かった！』
その時キラも、何かを感じていた。
フリーダムとレジェンドの一騎討ちとなるが、キラはかつての面影を感じていた。
かつての敵、ラウ・ル・クルーゼの面影が・・・。
キラ『これは・・・どういう事なんだ？君は！？』
レイ『そうさ、終わらせる。今度こそ全てを！』
レイはビームサーベルを取り出し、フリーダムと共に大きく振りかざし、相打ちとなった！
FINAL PHASE（最終話） 最後の力
キラとレイは、ドラグーンを射出！お互いはそれをかわしていく！
キラ『何故なんだ！何故こんな！』
キラは、動揺を隠せなかった。
レイ『ええいっ！』
次にレイはドラグーンをフリーダムに向けて一斉発射するが、かわされた！
ジャスティスとアカツキは、メサイアを防衛するザフト軍に対する戦闘を行っていた！
アスラン『ちぃっ！』
ムウ『えらい数だなー、こりゃあ。』
ムウはアカツキのドラグーンを発動、一撃でザクを撃破した！
ムウ『ま、数だけいたってねえ！』
マリュー『ゴットフリート、てぇーッ！！』
アークエンジェルは、ゴットフリート（主砲）をザフト軍のナスカ級戦艦に発射！
一撃で撃破した！
ソガ『ラミアス艦長！』
マリュー『シールドを突破する！時間がないわ、早く陣形を立て直して！』
ミリアリア『ブルーアルファよりミネルバ、距離16！』
マリュー『！？』
ザフト軍の戦艦ミネルバは、対艦ミサイルを発射した！
チャンドラ『ミサイル来ます！ 数、12！』
ムウ『ちぃっ！』
アカツキはアークエンジェルの援護へと向かった！
マリュー『ゴットフリート照準、てぇーッ！！』
アークエンジェルは、ミネルバに向けてゴットフリートを発射させた！
ルナマリア『ええーい！』
ルナマリアの乗るフォースインパルスガンダム（インパルス）は、
ビームライフルを使いムラサメを撃破！
そこにジャスティスが現れた！
ルナマリア『ジャスティス・・・アスラン！』
アスラン『インパルス・・・ルナマリアか！？』
ルナマリア『アスラン・・・。』
ルナマリアの頭に、アスランとの記憶が浮かんだ。そこに、妹のメイリンの声も・・・。
メイリン（回想）『お姉ちゃん、やめて！何で戦うの？何で戦うのよ！？』
ルナマリア『でも、何であなたがメイリンを･･･！よくもメイリンをぉ！』
ルナマリアはビームライフルをジャスティスに目掛けて撃った！
だが、ジャスティスのシールドで防御された！
アスラン『ちっ、やめろルナマリア！お前も！』
ルナマリア『逃げるなっ！』
次にルナマリアはビームサーベルを引き抜き、ジャスティスに特攻を仕掛けた！
だがアスランは、ジャスティスの脚部のグリフォンビームブレイドで、
インパルスの右腕を切断した！
ルナマリア『ああっ！』
アスラン『邪魔をするな！君を討ちたくなどない！』
ルナマリア『何をぉっ！』
今度は胸部のバルカン砲で攻撃！だが回避された！
アスランはジャスティスのビームブーメランでインパルスの右足を切断！
ルナマリア『あぁっ！』
シン『ルナーッ！』
そこへインパルスの元へ、デスティニーが駆けつけた！
ルナマリア『シン！』
シン『このぉー、裏切り者がぁーッ！』
デスティニーは、高エネルギービームランチャーを発射！だが、回避された！
アスラン『シン！』
シン『大丈夫か、ルナ！』
ルナマリア『シン！』
デスティニーは、アロンダイトビームソードを構え、ビームシールドを発動！
ジャスティスに特攻した！
アスランもビームスピアを引き抜き、デスティニーと互角になった！
シン『よくもルナを・・・ルナをやったなーッ！！！』
シンのSEEDが発動！スラスターを全開にし、ジャスティスを押し出した！
ルナマリア『シン！アスラン！』
一方フリーダムとレジェンドは、ビームサーベルで一騎討ちをしていた！
キラ『誰だ、誰なんだ・・・？』
キラの心には、クルーゼと戦った記憶が浮かんでいた。
キラ『君は！！』
レイ『分かるだろ、お前は。俺は・・・ラウ・ル・クルーゼだ！！』
キラ『！？』
キラは呆然とした。その間にレジェンドのドラグーンが射出された！
レイ『人の夢！人の未来！その素晴らしき結果、キラ・ヤマト！』
キラはビームシールドを展開するが、押し出された！
レイ『ならばお前も、今度こそ消えなくてはならない！』
キラ『ラウ・ル・クルーゼ・・・。』
キラの心には、メンデルの研究所でキラとクルーゼの過去を語った記憶が浮かんだ。
レイ『俺たちと一緒に！』
フリーダムは、レジェンドの攻撃を受けた！
ラクス『キラ！』
ラクスも、キラの身に危険を感じていた！
レイ『生まれ変わるこの世界のために！！』
フリーダムは、腹部カリドゥス複相ビーム砲（アビスと同型）を発射！
レジェンドのビームシールドで防御！
そしてレイは、自分の過去を思い出す。
レイ（回想）『ねえ、ラウは？』
デュランダル（回想）『ラウはもう、いないんだ。だが、君もラウだ。』
レイ（回想）『・・・？』
デュランダルは、クルーゼが飲んでいた薬をレイに渡す。
デュランダル『それが、君の運命なんだよ。』
シン＆アスラン『はぁーッ！！！』
デスティニーとジャスティスは白兵戦をしていた！
だが、ついにデスティニーのビームソードは折られた！
シン『！！』
シンは唖然となった！
フリーダムとレジェンドの激しい勝負の中で語り合うキラとレイ！
キラ『そんな、何故君が・・・何故君が、また！』
デュランダル（回想）『逃れられないもの、それが自分。』
レイ『そして取り戻せないもの、それが過去！だからもう終らせる、全て！
そしてあるべき正しき姿へと戻るんだ、人は、世界は！』
デスティニーは、両肩のビームブーメランを同時に投げたが、
ジャスティスに弾かれてしまった！
キラ『でも違う！』
キラは、ビームライフルでレジェンドのドラグーンを撃ち落とした！
レイ『！』
レイは残りのドラグーンでキラを狙うが、ビームライフルで撃ち落とされた！
キラ『命は、何にだって一つだ！だからその命は君だ！彼じゃない！！』
レイ『・・・！？』
キラは、ハイマットフルバースト（全弾発射）を発動！レジェンドに直撃した！
レイ『うわぁーッ！！！』
レジェンドは大破した！
その頃、まだアークエンジェルとミネルバの激闘が続いていた！
マリュー『アスラン君は！？』
ミリアリア『駄目です、位置特定不能！』
その時、ムウから通信が入る！
ムウ『俺が行く！』
マリュー『ムウ！』
ムウ『ムラサメ一個小隊、ついて来い！』
シン『くっそーッ！！！何でアンタなんかにぃーッ！！！』
幾つかの武器を失い、シンは頭に血が上がった！
ビームランチャーで攻撃するが、シールドで防御された！
アスラン『もうお前も、過去に囚われたまま戦うのはやめろ！』
その言葉に、シンとルナマリアは言葉を呑んだ！
アスラン『そんな事をしても、何も戻りはしない！』
シン『なっ、何を！！』
アスラン『なのに未来まで殺す気か、お前は！』
シン『！！！』
アスランの言葉に、シンは唖然となった！
アスラン『お前が欲しかったのは、本当にそんな力か！？』
シン『くっ・・・！』
シンは、過去の記憶を思い出した。
ステラとの恋と、妹のマユとの絆。
そして、仲間・・・。
ステラ『シン！』
マユ『お兄ちゃーん！』
シン（回想）『でも、敵の脅威がある時は仕方ありません。戦うべき時には戦わないと！』
アスラン（回想）『敵って、誰だよ？』
レイ（回想）『それは弱さだ。それでは何も守れない。』
シン『だけど、だけどぉーッ！！！』
シンはビームシールドを展開！掌にエネルギーを収束させた！
だが、デスティニーの前にインパルスが立ちはだかった！
ルナマリア『もうやめて！シンも、アスランも！』
シン『！！』
その時シンは、インパルスの姿がフリーダムに見えた！
シン『やめろぉーッ！！！』
ルナマリア『！！！』
そして、アスランのSEEDが発動！デスティニーの掌手をシールドで受け止めた！
アスラン『この、馬鹿野郎！！！！』
デスティニーを跳ね飛ばし、アスランはジャスティスの2刀流ビームサーベルを振り下ろした！
アスランは両手でサーベルを掴むが、パワーが耐え切れず、
デスティニーの両手は爆破してしまった！
次にアスランは脚部のビームブレイドでデスティニーの足を切断！
シン『うわぁーッ！！！！』
ボロボロ状態のデスティニーは、月面に叩きつけられた！
ルナマリア『シン！』
ルナマリアは、シンの元へと向かった！
アカツキは、ザクやグフを次々と撃破した！
ムウ『くそッ！！もういい加減にしろ！！なんでこんなモン守って戦うんだぁーッ！！！』
ガナーザクは、ガナー砲をアカツキに発射したが、
アカツキのビームコートで跳ね返し、ガナーザクに当たった！
アークエンジェルは、ゴットフリートを発射！トリスタンは被弾した！
次に、スレッジハマー（対艦ミサイル）を発射するが、ミネルバのCIWSで撃ち落とした！
そしてアークエンジェルとミネルバはお互い逆向きですれ違った！
マリュー『バリアント、てぇーッ！！』
逆さまのアークエンジェルは、バリアントを両舷共に発射！ミネルバのトリスタン2基に被弾！
アーサー『トリスタン、1番、2番、被弾！両舷ランチャー発射不能！
艦長、これではもう！』
さらにジャスティスのリフター（バックパック）が、ミネルバのエンジンを斬り貫いた！
マリク『メインスラスター損傷！姿勢制御、不能！』
エンジンに被弾したミネルバは、月面へ不時着した！
メサイアでは、レクイエムの発射準備に取り掛かっていた。
兵『レクイエム発射口にオーブ軍モビルスーツ！』
兵『ステーション2、間もなくポジションです。』
デュランダル『発射口のオーブ軍を排除する。ネオ・ジェネシス、照準。
レジェンドとデスティニーは？』
兵『どちらもシグナルロストです！』
その時、メサイアにフリーダムが接近した！
デュランダル『レイも討たれたというのか、あれに。』
キラはラクスにミーティアを射出するよう命令した。
デュランダル『全く厄介な存在だな、ラクス・クライン、キラ・ヤマト。まあいい、奴らの始末はまた後だ。』
そして再びフリーダムにミーティアがドッキングした！
レイは意識を取り戻し、ボロボロの状態のレジェンドでメサイアに向かった！
そして、ネオジェネシスの発射準備が完了した！
デュランダル『発射口の敵を掃討後、オーブを撃ってこの戦闘を終らせる！全軍に通達！』
イザーク『エターナル！！』
エターナルに、イザークから通信が入る！
バルドフェルド『イザーク・ジュール！？』
イザーク『メサイアが撃ってくるぞ！射線上の連中を下がらせろ、早く！！！』
そして、ネオジェネシスが発射された！
キラ『アスラン！マリューさん！！』
アスラン『大佐！』
ムウ『！！』
マリュー『機関最大！回避ーッ！！』
アークエンジェル、エターナル、そしてオーブ艦隊は回避したが、
ザフト軍の艦隊が飲み込まれ、壊滅された！
アーサー『あぁっ！マルベースとプルトンが！』
タリア（ギルバート、あなた・・・！）
次にレクイエムのカウントダウンが開始された！カガリはオーブ行政府で祈っていた。
発射口が開かれ、アスランとムウがシールドを破って突入した！
発射口で、ジャスティスはリフターを、アカツキはドラグーンを射出！
攻撃を受け、レクイエムは爆発した！
シンは別の空間を彷徨っていた。そこにシンの名を呼ぶ声が・・・。
ステラ『シン、シン！』
シン『ステラ・・・？』
それは、死んだ筈のステラだった。
シン『どうしたの、ステラ？駄目だよ、君はこんなところへ来ちゃ。』
ステラ『大丈夫。だからちょっとだけ逢いに来た。』
シン『ちょっとだけ？ちょっとだけなのか？』
ステラ『うん、今はね。』
シン『今は？』
ステラ『でも、また明日。』
シン『明日？』
ステラ『うん、明日！ステラ、昨日をもらったの。』
シン『うん？』
ステラ『だから分かるの。嬉しいの！』
シン『え？』
ステラ『だから、明日！』
シン『ステラ・・・』
ステラ『明日ね、明日！』
爆発したレクイエムで、アスランとムウは脱出した！
デュランダル『馬鹿な・・・！』
爆発を見ているルナマリアの膝にはシンが眠っていた。
シン『うっ・・・ステラ・・・。』
ルナマリア『シン！』
シンは意識を取り戻した。目の前にはルナマリアが・・・。
シン『ルナ・・・。』
ルナマリア『シン！！もうっ・・・！』
ルナマリアは涙ぐんだ・・・。
シン『あれ・・・？』
シンの目に、激しい爆発が見えた。
ルナマリア『レクイエムよ。オーブは、討たれなかった・・・。』
シン『！！』
シンは驚いた。
キラは単独でメサイアに総攻撃を続けていた！
内部に侵入し、全弾発射をした！デュランダルのいる司令室は炎に包まれた！
シンはルナマリアに抱きつき、号泣した。ルナマリアもシンを抱きしめた・・・。
アーサー『艦長、メサイアが！』
タリア『本艦の戦闘は終わりよ。総員退艦！』
アーサー『は、はいっ！』
マリューは、タリアに敬礼した。
マリュー『グラディス艦長・・・。』
タリア『こんな時に悪いんだけど、みんなを頼むわ、アーサー。私、行かなくちゃ。』
アーサー『あ・・・はいっ！』
タリア『ふっ、ごめんなさい・・・。』
タリアは微笑を浮かべながら艦を後にした。
アーサー『艦長・・・？』
メサイア司令室は、爆発の影響で電力がダウンした。そこにキラが銃を構えて現れた。
デュランダル『君がこんなところまで来るとは、正直思っていなかったよ。』
そう言うと、キラはデュランダルに銃口を向けた。
『なるほど。 だが本当にいいのかな？ それで。』
デュランダルも、キラに銃口を向けた。
レイは、メサイア司令室へと急行した！
タリアはシャトルに乗り崩れ行くメサイアへと向かった！
デュランダル『やめたまえ、やっとここまで来たのに。
そんな事をしたら世界はまた元の混迷の闇へと逆戻りだ。
私の言っている事は本当だよ？』
キラ『そうなのかも知れません。でも僕たちはそうならない道を
選ぶことも出来るんだ。それが許される世界なら！』
デュランダル『ふっ。だが誰も選ばない。人は忘れ、そして繰り返す。
もう二度とこんな事はしないと、
こんな世界にはしないと、一体誰が言えるんだね！？
キラ『・・・！』
デュランダル『誰にも言えはしないさ。無論君にも、彼女（ラクス）にも。
やはり何も分かりはしないのだからな。』
レイは、司令室にたどり着いた！
レイ（ギル・・・。）
キラ『でも、僕たちはそれを知っている！分かっていける事も、変わっていける事も！』
レイ『！！』
キラの言葉に、レイは驚いた。
キラ『だから明日が欲しいんだ！どんなに苦しくても変わらない世界は嫌なんだ！』
デュランダル『傲慢だね。さすがは最高のコーディネーターだ。』
キラ『傲慢なのはあなただ！僕はただの･･･一人の人間だ！
どこも皆と変わらない、ラクスも！』
司令室に、タリアが駆けつけた！
キラ『でも、だからあなたを撃たなきゃならないんだ！それを知っているから！』
キラは、銃の引き金に指を置いた！
デュランダル『だが君の言う世界と私の示す世界、皆が望むのはどちらだろうね？
今ここで私を撃って、再び混迷する世界を、君はどうする！？』
キラ『覚悟はある！』
レイとタリアは銃を構えた！
キラ『僕は戦う！』
そして・・・！
バァン！！
司令室から、銃声が響き渡った！
キラ＆タリア『・・・！！！』
キラとタリアは唖然となった！
デュランダルは撃たれた！
キラが後ろを振り向くと、レイがいた！
頭を抱えながら、レイは号泣した！
タリア『レイ！！』
デュランダルの元へ、タリアが駆けつける！
デュランダル『やあ、タリア。撃ったのは君か・・・？』
デュランダルは、口から血を流していた。
タリア『いいえ、レイよ！』
レイ『ギル・・・！！ごめんな・・・さい・・・！でも、彼も・・・明日は・・・！！』
レイは涙ながらにしてデュランダルに訴え、泣き崩れた。
デュランダル『そうか・・・。』
司令室は崩壊を始めた！
キラ『グラディス艦長！』
タリア『あなたは行きなさい！』
そう言うとタリアは、キラに銃口を向けた。
キラ『！？』
タリア『この人の魂は、私が連れて行く！』
メサイアは、激しい爆発に見舞われた！
タリア『ラミアス艦長に・・・伝えて。』
キラ『・・・？』
タリア『子供がいるの、男の子よ。いつか会ってやってねって。』
キラ『分かりました。』
キラは、司令室を去った。
デュランダル『済まないねえ・・・タリア。でも・・・嬉しいよ・・・。』
タリア『しょうのない人ねえ。でもホント、仕方が無いわ。
これが運命だったという事じゃないの？あなたと私の。』
デュランダル『ふっ・・・やめてくれ・・・。』
デュランダルは微笑んだ。
タリア『レイ、いらっしゃい！』
レイ『・・・！』
メサイアは、ついに崩れだした！
タリア『あなた、よく頑張ったわ。』
レイ『・・・！！』
タリア『だから、もういい。』
レイ『お・・・母、さん・・・。』
爆風からフリーダムが現れた！キラはメサイアの最期を見つめていた。
そしてメサイアは月面へと落ちた・・・。
シン、ルナマリア、アスラン、キラもそれを見つめていた。
宇宙空間には、モビルスーツや艦隊の残骸があった。
月面には、デスティニーとインパルスの残骸も・・・。
（エンドロールの後）
エターナルから、フリーダムが発進され、宇宙へと飛び立った！
MOBILE SUIT GUNDAM SEED DESTINY
THE END