〜コスモス総集編１のメッセージ〜
コスモス「いつもウルトラマンコスモスを応援してくれて有難う。
ムサシが急に番組に出られなくなった。彼がいつまた皆の前に
姿を見せる事が出来る様になるのか私にも分からない。
そこで今週から２回に渡って私とカオスヘッダーとの最後の闘いを
見てもらう事にした。じっくり見て欲しい」
総集編１でカオスヘッダーに対抗出来る「カオスキメラ」を開発する。
又この段階でムサシがこれまでの闘いで負傷し倒れていると思われる。
基本的に地球怪獣を宇宙生命体「カオスヘッダー」が暴れさせていた。
〜コスモス総集編２「コスモス最後の闘い」（宇宙シーンから地球へ）〜
”探査宇宙船ワルツ３号のパイロットみつやが太陽系のはずれで不思議な水晶体を発見
その水晶体にはカオスヘッダーの謎を解き明かす文字情報がプログラムされていた。
一方防衛軍とチームアイズは宇宙座標P87ポイントのカオスヘッダー殲滅作戦を共同で
行う事を決定、着々と準備が進められていた”
〜ドイガキ隊員が戦闘機を画像で説明〜
ドイガキ「この両サイドのモジュールファイターにカオスキメラを大量に搭載します
発進したテックブースターはP８７ポイントに到達すると同時にモジュールファイターを
分離させ、そのままP87ポイントへ打ち込みます。破壊されたモジュールファイターからは
大量のカオスキメラがぶちまけられ集結していたカオスヘッダーを一気に殲滅させる
という計画です。」 フブキ隊員「俺に行かせて下さい！カオスヘッダーの攻撃を
避けたり反撃したりするには確かに無人じゃ無理ですからね」
ヒウラ隊長「あいにくだがなフブキ、俺が行く」
〜ドイガキと科学者が水晶を研究〜
ドイガキ「人々の考えは様々に混じりあい乱れ、この星はとてつもない渾沌の中に..か」
科学者「渾沌..天と地の区別がつかぬ程ドロドロに混じりあった状態..つまりカオス」
ドイガキ「確かにカオスヘッダーがこの星を襲った時の記録と読めなくもない」
科学者「私もそう思ったんです。この文章カオスヘッダーの事を記してるんじゃ無いかって」
ドイガキ「可能性は高いね。この鉱石が発見された小惑星もP87ポイントの近くだったし
明日の総攻撃までに翻訳が間に合えば何か役に立つ情報が得られるかもしれないのに！」
科学者「明日なんですか？総攻撃」 うなずくドイガキ。
〜基地から発進する隊長とカオスの襲撃〜
アヤノ隊員「防衛軍戦闘機も護衛の為トレジャーベースに向かって飛行中」
ドイガキ「テックブースター発進３０秒前！あ」乱れる画像。シノブ副隊長「どうしたの」
アヤノ「こっちのディスプレイも乱れて..え？嘘！またP87ポイントから」
巨大な光が地球へ！アヤノ「カオスヘッダーがトレジャーベースに向かって来ています」
基地が停電。画像に顔が出現「ウルトラマンコスモス！これ以上邪間はさせん！」
突然コスモスが登場！ カオスヘッダー「コスモス！」
コスモス「決着を付けよう！カオスヘッダー！」宇宙へ飛ぶコスモス。
カオスヘッダーは光から「カオスウルトラマンカラミティ」（ニセコスモス）になる
〜コスモスとカオスの闘い１（月）〜
コスモス「カオスヘッダーお前は何故星々を破壊し人々を混乱に落とし入れる？」
カオス「我々こそが秩序をもたらす。」トレジャーベースでも会話を聞いている
ドイガキ「秩序をもたらす？カオスヘッダーが」科学者「つまりカオスヘッダーは
乱れた世界を１つの秩序にまとめる為、人工的に作られた生命体だったんです」
カオス「我々は無数であり１つ！幾つに分かれても我々は１つの意志で動く」
ドイガキ「１つの意志で動くカオスヘッダーと全ての生物が同化すれば
その考えは１つとなり、秩序が生まれる」
フブキ「カオスヘッダーはそうした秩序を生み出す為に作りだされたというのか？」
コスモス「私は見たお前が生態系を変えた星を。それも秩序に向かう途中だったと言うのか」
カオス「そうだ。生き残ったその星の生物がやがて１つの意志の下で秩序を築く
その為に犠牲が必要な事も有る」コスモス「必要な犠牲などあってはならない！」
カオス「邪魔をするなコスモス！我々も人間の心を知った。憎しみや怒りの感情を
我々は知った。コスモス、お前が憎い！お前を倒す！」急に攻撃！
避けつつルナモード（標準）からコロナモード（闘い向き）に変身、ジャンプして
エクリプスモード（奇跡の巨人）に変身。お互いにパンチやキックで互角だが
突き飛ばされコスモスのカラータイマーが点滅！側にいる隊長機。
ヒウラ隊長「これ程までにエネルギーを消耗しているのに何故月にまで来たんだ！」
（どうやらこの時点でムサシ＝コスモスが隊長にのみバレている）
コスモスのビームもカオスに弾かれ、隊長の護衛ビームも効かない。カオスから
離れたコスモスは岩に向かってビームを発射、岩が輝きカオスが苦しむ（この辺謎）
隊長「そあく鉱石」ドイガキ「そうか最初からコスモスは月のそあく鉱石を利用
するつもりで」隊長「そうだったのか..よし！」隊長機からも岩を攻撃し鉱石にする。
コスモスの光線を受け、くだけ散るカオスヘッダー（ニセコスモス）隊長「やった」
シノブ「どうしたの？」アヤノ「これは..P87ポイントの全てのカオスヘッダーが月に」
カオスの光が鉱石を破壊、カオスヘッダーが怪獣形になって登場！
歯が立たないコスモス。隊長「くらえ！」搭載したカオスキメラを怪獣版カオスに当てる
弱まるカオス。コスモスは光線を発射しカオスを光に戻す。カラータイマーが消え消滅する
〜CM後、地球、怪獣保護区に怪獣がいない〜
監督「リドリアス、モグルドン、ボルグルス何故逃げたんだ？」
〜トレジャーベース〜
ドイガキ「カオスヘッダー反応は現在の所、地球上はもちろんサーチ出来る
範囲の宇宙空間でもキャッチされません」アヤノ「完全に消滅したんですよ
きっと」 フブキ「そう願いたいな。カオスヘッダーは進化する。
もしまた現れればカオスキメラで倒せるかどうか..」
〜いきなりカオスヘッダー（怪獣）が地球に襲来！〜
隊長「カオスヘッダー！まだ完全に消滅していなかったんだ！」飛行メカ発進
隊長「ありったけのカオスキメラを打ち込むんだ！」フブキ「了解」効かない。
シノブ「ダメ、効果が無い」ドイガキ「やっぱりカオスヘッダーはもうカオスキメラに
対する抵抗力を付けているんだ！」フブキ「あっキャップ！リドリアスが！」
カオスの前に友好怪獣リドリアスが登場、優しさをうったえる。
ドイガキ「リドリアスの声がいつもと違う」アヤノ「嘘、ボルギルスがH2エリアに
出現！えっM4エリアにはモグルドンも！」友好怪獣が攻撃を受けても反撃しない。
”リドリアス達はカオスヘッダーに優しく心を込めて訴えかけた。争うのは止めようと”
リドリアスが攻撃を受け倒れる。隊長「リドリアスを守るんだ」フブキ「了解！」
〜いきなり「変身石」が輝きを取り戻す描写、コスモス登場！〜
コスモス（ルナモード）は怪獣と共に優しさを取り戻す光線を発射、反撃にもめげない
隊長「コスモスを..ムサシを援護する！（ここまでで正体バレがあった感じ）
ただしカオスヘッダーの放つ光球だけを狙う。ムサシとコスモスを守る為に！
そしてカオスヘッダーも守る為に！」うなずくシノブ「キャップ」
隊長「皆行くぞ！全ての命を守る、これが俺達の究極の目的だったハズだ！」
フブキ「了解！」他メンバー「了解！」仲間のビームがコスモスを守る。
”コスモスと怪獣達はありったけの想いをカオスヘッダーへと投げかけた”
コスモスの光線！シノブ「見て！カオスヘッダーが」輝くカオス。
カオス「コスモス、私を包むこの想いは..？」
コスモス「この地を去ろうカオスヘッダー。憎しみも争いももう私達に必要は無い
共に帰ろう」カオス「コスモス..」カオスが粒子になって空へ消える。
コスモス、手から光を出しムサシと（多分）分離する。駆けて来る仲間達。
地面に人影（ムサシ）を下ろすコスモス。
コスモス「真の勇者ムサシ、これからは君と仲間達で守るのだ。全ての命を。
ムサシよ、君はもう１人で飛べる」コスモスが空に去る。
シノブ「もう..こんな奇跡には」 隊長「それは分からない、だがな、
少なくとも夢を持たなければ奇跡は起こらない。夢を追い掛け続ければ、きっと」
うなずく仲間。去って行くコスモス。
エンディング曲の後
”また、きっと会える、ウルトラマンコスモスに。そして隊員達にも..”
終わり